這時，梨洲仍未走出亡國之痛，故《留書》仍以“攘夷”為主線，篇篇所論不逾此，連殿後的那篇《史》，亦标格夷夏之防，奉反夷狄為史學之綱。他說：
宋之亡于蒙古，千古之痛也。今使史成其手，本朝因而不改。德祐君中國二年，降，書瀛國公，端宗、帝昺不列《本紀》，其崩也，皆書曰“殂”；虜兵入寇則曰“大元”，嗚呼！此豈有宋一代之辱乎？而天下恬然不知為怪也。
批評明朝将蒙古人趕回大漠、恢複中華之後，坐視元蒙所修《宋史》中諸多污辱中國的記載與字眼，而不改。他借此為例，申述修史的重要，其實那正是他當時立志自己要去做的一項工作。
舟山陷落後，梨洲在理論、史撰與學術三個方面，投入精力最多的，主要是史撰。這一來是他自幼對于史學最為傾心、關注，自視“故學于舊史者也”；二來更是現實情愫所系，對亡國痛史難以釋懷，既不忍其淹滅，又亟欲探其教訓，所以注意力幾乎全部集中于對“當代史”的描述，經見證人的身份将之形諸史冊。
這些作品，主要有《弘光實錄鈔》四卷、《行朝錄》十二卷、《海外恸哭記》一卷。《弘光實錄鈔》專記甲申國變後朱由崧在南京由監國到登基為弘光皇帝，直至南京陷落後頭兩個月東南各地的情形。《行朝錄》則是關于隆武、紹武、魯王、永曆幾個明朝流亡政權的記載“行朝”之意，即今所謂“流亡政府”，兼記一些重要的局地情況和事件，如“贛州失事”萬元吉事、“舟山興廢”舟山根據地情況、“日本乞師”赴日求援、“四明山寨”四明山根據地情況、“沙氏亂滇”沙定洲事、“賜姓始末”鄭成功事、“江右紀變”金聲桓事，各篇也經常單獨地被史家征引。《海外恸哭記》從個人親曆視角，講述從亡魯王于海上，及這一支抗清武裝前後發生的變故。
有确切寫作年代的，僅《弘光實錄鈔》。其《序》雲：“古藏室史臣黃宗羲識，時戊戌冬十月甲子朔”，戊戌即1658年（清順治十五年），十月甲子朔，即十月初一，而《序》中又雲：“十日得書四卷，名之曰《弘光實錄鈔》”，因知全書寫作過程十天，即九月廿一日動筆，十月初一寫完，時間相當具體。次而并未标寫作時間但可推知者，為《行朝錄》。其《序》雲：“向在海外，得交諸君子，頗欲有所論著，旋念始末未備，以俟他日搜尋零落，為輯其成。荏苒三十載……”則《行朝錄》寫成，距當時已約三十年，若以1645年浙東起義為始，姑推書成約在清康熙十四年（1675）年左右，而梨洲年六十六上下。寫作年代完全未詳者，為《海上恸哭記》，但我們卻認為，梨洲數種史著當以它為最早，比《弘光實錄鈔》還早。後者作于舟山陷落1651年後七年，《海上恸哭記》卻極可能寫在舟山陷落當時。蓋有幾點為證：第一，梨洲寫時隻敢用化名，自稱“”，表明當時他正處秘密或潛逃的狀态；第二，所記内容，自1645年浙江兵潰、魯王入海流亡起，正好到舟山陷落截止，顯然是特地為自己這段經曆而寫；第三，其《序》口吻，顯示寫作是受舟山悲劇直接刺激，為之記以備忘，同時心猶未死、對未來尚抱幻想：“因次一時流離愁苦之事，為《海外恸哭記》，以待上指魯王之收京返國，即創業起居注之因也。”第四，《海外恸哭記》書名取自謝臯羽《西台恸哭記》，兩者寫作應出相同心态與感情。梨洲曾于崇祯十一年（1638）讀《西台恸哭記》，見“中多忌諱隐語”而為之作注，作注過程中，顯然對何為亡國之痛有了一番深深體會，他後來說：“豈知是後七年，而所遇之境地一如臯羽乎！”沒有想到自己也親身經曆了一樣處境，而這種感受真正現實化，即當以舟山陷落為标志，舟山陷落意味着“海外”從亡的終結，因而為之作“恸哭記”。
梨洲這些著作，與一般史著不同處在于，全都是“當代史”，并非從一般的學問、研究角度着眼和入手，而有極強的現實性和戰鬥性。首先，他有一種責任感，要以見證人姿态将自己親曆的現實、史實第一時間形諸文字；其次，又有緊迫感，似乎預感在曆史滄桑之後，真相有可能被抹煞、篡改。這便是寫《弘光實錄鈔》時所談到的：“舊聞日落”，“後死之責，誰任之乎”，“為說者曰：‘實錄，國史也。今子無所受命，冒然稱之，不已僭乎？’臣曰：‘國史既亡，則野史即國史也……’”在國家淪亡現實下，幸存者自然地獲得為國家保存曆史真相的職責與授權，來防範、抵禦他人任意塗抹。這種意識，早在舟山陷落之初，就從《海外恸哭記》寫作動機中迅速浮現，确因梨洲曆來極重史學，目之為國家和民族精神基石。
各書寫作，形态有别。《海外恸哭記》出個人經曆，類乎“口述實錄體”；《行朝錄》是時隔多年，憑記憶寫成，這些記憶有“見”有“聞”，即有的是親曆，有的得之聽聞；《弘光實錄鈔》相對“正式”，據梨洲自雲完全依據官方材料編纂而成：“寒夜鼠齧架上，發燭照之，則弘光時邸報，臣畜之以為史料者也。”所以，梨洲敢以“實錄”名之。“實錄”是明朝即時治政記錄，從太祖朱元璋到熹宗朱由校，都有完整“實錄”，崇祯朝因亂殘缺，弘光朝則根本沒有；梨洲作此，意欲填其空白。
應該說，鼎革後，與梨洲有相同認識的人不在少數，故由明入清形成史書私撰高潮，是曆來野史最為盛産的代際，數量無慮數百種。梨洲所著，一是對浙東抗清史實的保存貢獻卓著；二是出于思想家特質及本人個性，批判性較别家鮮明、強烈；他從不掩其愛憎，對所述之事都有明确立場，故而史論結合，史之所至，論亦随之。
更要看到，梨洲的“當代史”建樹，國史層面僅為一個部分，此外還有大量“個人史”寫作，為許多當代人物立傳，将曆史筆觸深入到鮮活的個體生命世界，他在這個方面的付出當時恐怕無人可比，不但可貴而且極具特色。