乙酉年五月，南京失陷前，太沖乘亂脫身，“踉跄歸浙東”。
六月，剛剛勉從諸臣之請，就監國之位的潞王朱常淓，以杭州獻降清軍。
閏六月初八，明左都禦史、太沖的老師劉宗周，在紹興城外鄉間絕食卒。
劉宗周，表字啟東，世稱念台先生。明代最後的大儒，創蕺山學派，門下碩學輩出。他死後，諸弟子于康熙年間刻遺著凡四十卷，卷前列《蕺山弟子籍》，葉廷秀、祁彪佳、熊汝霖、陳子龍、陳洪绶、黃宗羲、魏學濂、張履祥、陳确、仇兆鰲、萬斯同、毛奇齡……如許卓礫英才，悉列蕺山門下。他的思想，獨重“誠意”“慎獨”。誠意，即心志真誠；慎獨，則講在獨處中謹慎不苟。
天啟五年，黃尊素就逮之際将太沖托付于劉宗周，拜以為師。崇弘間，有“蕺山三大弟子”之說，則祁彪佳、章正宸與太沖也。然單從學問角度，太沖這個弟子應該還排不上号。主要是當時他底子薄、學識不夠。太沖自己講：
甲戌歲崇祯七年（1634），随先師至嘉禾，陳幾亭以遺書高攀龍《高子遺書》為饋，先師在舟中閱之，每至禅門路徑，指以示弟，弟是時茫然。
“禅門路徑”指佛學元素。宋以來援釋入儒，很多學者為之浸潤，但劉宗周不贊成。當他把高攀龍書中混入的佛家語向太沖一一指出時，太沖“茫然”，腦中空空如也，完全接不上話。所以，他實事求是地自評“聊備蕺山門人之一數耳”，又于《思舊錄》檢讨說：“先生誨餘雖勤，餘頑鈍終無所得。今之稍有所知，則自遺書摸索中也。”承認老師在世時，自己沒有學到什麼，真正的了解，是以後靜下心做學問，通過老師遺著摸索而來。
最終太沖無疑算蕺山門下最出衆的，甚至青出于藍，但蕺山在世時，他列入“三大弟子”，并非因為學業突出，而是在别的方面有過獨特貢獻。崇祯初，劉宗周在紹興辦證人書院，從事講學，當中涉及基本學術觀點之争：
而越中承海門周氏之緒餘，援儒入釋，石梁陶氏奭齡為之魁，傳其學者沈國模、管宗聖、史孝鹹、王朝式輩，鼓動狂瀾，翕然從之，姚江之緒，至是大壞。忠介劉宗周追谥忠介憂之，未有以為計也。公之及門，年尚少，奮然起曰：“是何言與！”乃約吳、越中高材生六十餘人，共侍講席，力摧其說，惡言不及于耳。故蕺山弟子，如祁、章諸公，皆以名德重，而四友禦侮之助，莫如公者。
“惡言不及于耳”，就是把那些反對、挑釁者的聒噪之聲，攆得遠遠的。顯然，三大弟子中，祁、章是以學問和造詣知著，太沖當時主要是起了一個很好的“護法”作用。
大多數時間，太沖除了埋頭舉業，就是外出友遊，沒有很好地親炙老師教誨。我們不知道念台先生生前對太沖抱有何種期望，抑或可曾料到這位學問平平、看上去還有些貪玩的學生，後來卻是最能光其門楣的高足。
甲申七月下旬，劉宗周起複抵南京；因事事耿直、危言危行，使從馬阮到武人等各種利益集團都深感不快，未及兩月，九月十日即令緻仕。翌年五月南京陷落，消息傳至，劉宗周在家鄉與弟子熊汝霖、祁彪佳聯絡組建義師抵抗事，正當此時，卻聞朱常淓已在杭州投降，未幾，紹興亦降，“方進食，即命撤之”，立刻開始絕食。他嚴謹、理性地叙述了自己決定的由來：
北都之變，可以死，可以無死，以身在削籍也，而事則尚有望于中興。南都之變，主上朱由崧自棄其社稷而逃，仆在懸車，尚曰可以死，可以無死，以俟繼起者有主也。監國朱常淓降矣，普天無君臣之義矣，猶曰吾越為一城一旅乎，而吾越又複降矣！區區老臣尚何之乎？若曰身不在位，不當與城為存亡，獨不當與土為存亡乎？
“前後絕食者四旬”實足天數凡三十六日，在這漫長過程中，劉宗周意志堅定、未稍悔退。中間有這樣的細節：“宗周絕食久，渴甚，飲茶一杯，精神頓生，曰：‘此後勺水不入口矣！’”原以為喝水與絕食無礙，飲後才發現對于絕食者，哪怕滴水也提供養分，遂又禁水，“勺水不入口者十有三日”，禁水十三天後，終于完成了莊嚴的死亡過程。
在劉宗周，這是把生命付之“誠意”“慎獨”的踐行，驗其真義，證其不虛。
六月下旬，太沖得知老師絕食，“徒步兩百餘裡”，趕往紹興探視。到紹興才知老師因為城已降故，避之不居，遷至鄉下，再翻山越嶺前去，見到老師最後一面：
先生卧匡床，手揮羽扇。餘不敢哭，淚痕承睫，自序其來。先生不應，但颔之而已。時大兵将渡，人心惶惑，餘亦不能久待，複徒步而返，至今思之痛絕也。
這當是失父以來太沖最悲痛的個人遭受。太沖心中，蕺山不止是老師而已，“先生于餘有罔極之恩”，罔極一詞，古時常指人子對父母的無盡哀思。當然，蕺山最後也以堅毅、沉靜的死，給太沖上了最後一課，示以人格的終極垂範。