甲申年（1644）三月十九日，李自成攻克北京，崇祯皇帝以發蒙面，缢死煤山。五月初一，鳳陽總督馬士英扶從河南逃來的福王朱由崧在南京監國，十五日即皇帝位，改年号弘光。為馬士英策劃這一切的，是阮大铖。他很快得到起複，官居兵部尚書。弘光朝政遂為馬、阮把持，在此一年中，他們的所為可用兩件事來概括，一是貪黩，一是報複。阮大铖廢斥十七年所攢下的所有怨恨，一一化為尋仇之舉。
馬、阮先是設法将史可法擠出南京，去揚州當督師，繼而令張慎言、高弘圖、姜曰廣、呂大器、劉宗周、徐石麒等或退或罷。待絆腳石俱已清除，就着手興獄構陷。先造“順案”。“順”字在此一字數用，兼指李闖“大順”之“順”，和歸順李闖的官吏，同時阮大铖當年身陷“逆案”，這裡特以一個“順”字作針鋒相對的翻案文章，将自京逃歸的周鐘複社領袖、光時亨東林骨幹等下獄，再以周鐘牽連周镳。周鐘、周镳是堂兄弟，而周镳在《留都防亂公揭》事件中非常賣力，有人對阮大铖說：“周镳之名，以诟公而重，諸名士之黨，又以诟公而媚镳。”阮遂“銜镳刺骨”。
周鐘、周镳被逮，僅為序幕，後面有一連串的逮捕名單，顧杲、陳貞慧、侯朝宗、楊廷樞、太沖本人乃至徐汧、祁彪佳、徐石麒、呂大器、陳子龍悉在其列。事實上，阮大铖一共編了三本名冊，冊内都是他拟予打擊的對象：“阮大铖作正續《蝗蝻錄》《蠅蚋錄》，蓋以東林為蝗，複社為蝻，諸和從者為蠅為蚋。”即《蝗蝻錄》正、續二本，《蠅蚋錄》一本。蝗、蠅易懂，蝻是蝗之幼蟲，蚋便是蚊子。他以蝗、蝻、蠅、蚋為比喻，分别列入東林、複社成員，以及東林、複社的追随者。甲申年十二月起，接連發生大悲和尚、南來太子等案，因案情牽及帝位，阮大铖認為是絕好由頭，就此發難，列“十八羅漢五十三參之名，海内清流，皆入其内。”“羅漢”“菩薩”等名目，與魏忠賢編造《東林點将錄》，比照《水浒傳》“一百單八将”給東林要人逐一加派诨的做法，一脈相承。
這當中，阮大铖最為痛恨的，便是《留都防亂公揭》之事，“大铖聚起南中，遂案揭中一百四十人姓氏，欲盡殺之”，凡在上面簽名的一百四十人，一個不落，俱欲殺而後快。
朱由崧監國诏書發表，太沖得訊即往南京，“上書阙下”，欲于國難當頭之際，稍盡綿薄。所以差不多弘光這一年從頭至尾，太沖都在南京，這也是他在南京待得最久一次。可能甫到南京，阮大铖已開始他的迫害行動。據李清《南渡錄》，阮某“順案”之計提出于甲申年六月中旬：“壬申六月十六日，命嚴核從逆諸臣。時閣臣士英以薦阮大铖為中外攻，甚忿。大铖亦語人雲：‘彼攻“逆案”，吾作“順案”相對耳。’于是士英疏攻從逆。”過了一個月，七月癸卯十八日逮
捕令正式下達：“革從逆諸臣職，命法司察有确據者先行撫按解京正事”，周鐘即逮捕名單上的頭名。而太沖《弘光實錄鈔》說：
鐘之就逮，臣遇之句容道中，語臣欲辨其誣。
周鐘是從金壇常州附近家中就逮解往南京，句容則在南京東南與鎮江之間，他們于此相遇，顯然太沖正在來南京的路上，故而我們可以推知太沖是在七月二十日左右到的南京。
可以說，太沖雙腳尚未踏入南京，就已經撞上了阮大铖的一次報複行動。但這個時候，大家好像都還沒有意識到周鐘被逮背後的陰謀。周鐘降闖是确鑿的；北變消息傳來，周鐘行徑引起極大憤慨，在金壇，“合學紳衿遂相與诟詈之”，朝廷為崇祯皇帝所頒正式訃告五月初六發布到達的那天，“諸缙紳哭臨三日”，并齊至當地文廟，毀掉周鐘祖父的從祀牌位。之後，沖到周家，“碎其門榜”。懲辦從逆，是各方一緻呼聲。而阮大铖鬼就鬼在這裡，他揪住周鐘乃虛晃一槍，借此為過渡，來牽出周鐘的堂兄弟周镳。太沖過後寫道：
而镳者，阮大铖貿首之仇也。大铖欲殺镳而不得，遂以鐘事中镳……大铖無心于殺鐘，以因镳以累鐘，事之不可知如斯也。
阮大铖以“邊才”自居，頗嗜兵法，這一招使的是“借刀殺人計”。當時誰也沒看出來，所以太沖會歎“事之不可知如斯也”。
八月二十四日己卯；《南渡錄》為丙子即八月二十一日，眉目方始顯露出來。這一天，阮大铖某爪牙參周镳等，其邏輯是這樣：
按律，謀危社稷者，謂之謀反，大逆不道，宜加赤族之誅，以為臣子之戒。今其指周鐘胞弟周铨，尚廁衣冠之列；其堂弟周镳，俨然寅清之署，均當從坐，以清逆黨。
周镳及雷祚當即下獄。據《南渡錄》，同時被參者多達十餘人，其中包括姜曰廣、劉宗周那樣的高級别官員，隻因反對者衆，袁繼鹹、熊汝霖各有疏言，不得已，先拿周、雷二人是問。
周镳不僅是太沖入複社的介紹人，兩人還很談得來。崇祯十二年，太沖訪周镳于其家，當時正發瘧疾，但見面後“談至夜分而瘧不發”。周镳被逮後，太沖拟入獄一會而未果：
仲馭在獄，餘欲入視之，而稽察甚嚴，徒以聲相聞而已。負此良友，痛哉！
周镳和雷祚後于乙酉年四月初九（1645年5月4日）遇害：
謂二人實召左兵，趣賜自盡。乃各作家書，互書“先帝遺臣”于腹，投缳死。遺命勿葬，如伍子胥抉目事，置棺雨花台側，未浃月不足一個月而南都破矣。
左兵，指左良玉兵變。周镳以周鐘從逆事連坐而被捕，卻因左良玉兵變被殺，可見阮大铖的随心所欲。不過，這實際也是他新生一計。全祖望說：“雖良玉自為避流賊計，然大铖以為揭中人所為也。”意思是，兵變其實是左氏為躲避李自成而找的借口，阮大铖卻将計就計，說成是“揭中人”亦即搞防亂公揭那夥人招誘來的，因為這個理由最能煽起朱由崧、馬士英的憤怒，使他們同意大規模懲治複社分子。
果然，周镳被殺前後，大範圍捉拿行動開始，陳貞慧、吳應箕、顧杲、沈壽民、侯方域以及太沖，都已批準逮捕。好在大家事先得到消息，四處逃散，如侯朝宗過江逃至史可法幕下，孔尚任《桃花扇》就寫到這個情節。
太沖的此番遭遇，有人存在誤會，例如身任《黃宗羲全集》執行主編的吳光先生于其《黃宗羲與清代浙東學派》一書這樣寫：
黃宗羲與顧杲一起被捕入獄，第二年五月，清軍攻下南京，弘光政權瓦解，黃宗羲才得以乘亂脫身，回到家鄉。
明指太沖已經被捕，完全搞錯。太沖實際是逃脫了，并未被捕。不過，吳著如是說，亦情有可原；它顯然是由全祖望《梨洲先生神道碑文》的幾句話，生出誤會：
而公以朝不坐謂太沖布衣燕不與謂太沖置身北京之外之身，挂于彈事遭到彈劾，聞者駭之。繼而裡中閹黨徐大化侄、官光祿丞者複疏糾，遂與杲并逮。
“遂與杲并逮”，徑讀之，确易理解為“黃宗羲與顧杲一起被捕入獄”；然而全氏後面還有一句：“公等惴惴不安，駕帖未出，而大兵至，得免。”駕帖，即刑科簽發的逮捕公文。這裡講得很清楚，逮捕令确有，然未曾發出，而恰在這時清兵至，事寝。此情節，《年譜》表述得更具體些：
時鄒掌院虎臣，與子方有姻連，故遲其駕帖，公踉跄歸浙東。未幾，大兵至，得免。
再看太沖自述：
孽逆原任署正徐禹英希阮大铖旨，參顧杲、黃宗羲……于是禹英參杲、宗羲，下法司逮問。左佥都禦史鄒之鱗，杲之姻也，遲之，而北兵已下，不竟其獄。
按：以上兩段引文，各有一處錯誤；“鄒之鱗”系鄒之麟之誤，其表字應為“臣虎”而非“虎臣”。鄒之麟乃明末清初一位不錯的畫家，弘光間官居左佥都禦史。他和顧杲為姻親，正是他利用職務之便，拖延了逮捕令的發出，使顧、黃有機會逃走。随後清兵南下，事情遂不了了之。故而全祖望所謂“并逮”，僅指确已有逮捕令，但後面随又補充說明，這張已有的逮捕令，被壓下或延遲執行了。