但梨洲那樣的知識者，對于工作無法隻以掙錢為目的。假如有這樣兩件事供他選擇，一件讓他覺着主要隻是養家糊口，一件則在有所收入的同時更有益于開展個人的思想、知識與學術的探索，他無疑會中意後者的。我們猜想，在語溪呂家私塾教書與在紹興證人書院作高層次講學之間，便是如此；而圍繞自己形成一個專門的個人講台的甬上證人書院，去指導二十幾個高級人才，更不言而喻，這區别就好像從教小學生變成帶研究生，他思想的施展、學問的投放和精神空間的擴展，都不可同日而語。
他這批學生，質地優異。前面講萬氏子弟有幾個後是經史大家，餘如陳錫嘏、仇兆鳌、鄭梁、陳夔獻、範光陽等，都非等閑。他們投在梨洲門下前，讀書已有相當深度，起點很高。他們向梨洲求的以及梨洲傳授給他們的，自然是高一等或更專門的學問。像鄭梁那樣，拜見梨洲後，盡棄所學，将日後所作統稱《見黃稿》，就反映師生間教與學處在一個怎樣的層次。
具體講，梨洲帶這批“研究生”，以什麼為教學内容？主要是乃師劉宗周的思想體系。學生們認他為師，集體追随他，也是沖這個而來。甯波講學地沿用“證人書院”名稱，亦寓繼承、發揚劉子之學，将它從越中推廣到甬上的宗旨。對此，範光陽的表述可謂清晰：
蕺山劉忠正公之學，自吾師姚江黃梨洲先生始傳于甬上。其時郡中同志之士十餘人，皆起而宗之，以為學不講不明，于是有證人之會。
不妨說，甬人證人書院其實便是一個由梨洲掌教鞭的劉宗周之學高級研修班。
而這恰是梨洲滿心希望做的事情。
自父親就逮時将自己托給劉宗周，一直到老師殉國為止，梨洲在外雖有“蕺山三大弟子”的名頭，但他知道其實不配，老老實實承認“聊備蕺山門人之一數耳”。他很好讀，讀過的書算是不少，然而一則偏在史籍方面，二則缺乏系統性。劉子之學，主要成就在哲學及倫理方面，注重知識本源，精于理路審辨。這一直是梨洲學問的弱處。崇祯七年（1634），他陪劉宗周去嘉禾，途中老師正讀高攀龍所著《高子遺書》為饋，“每至禅門路徑，指以示弟”，一遇哪些說法、概念非儒家固有，而由佛學混入，就指給梨洲看，而“弟是時茫然”。這須以對儒、釋兩家經典爛熟于心為前提，而梨洲當時還不具備這樣的知識儲備。由于這樣，他很難真正進入老師思想體系，領其堂奧。
對他造成妨礙的，一是應舉，二是交遊，三是年齡。梨洲青年時代不少好光陰，耗于應舉。同時，在杭州、南京、吳中以及皖南，遍結名士，“無日不相征逐”，難以靜心斂志于學。這也是明代士林的基本風氣。梁啟超曾說：“明朝人不喜讀書，已成習慣。”這一是八股所害，二因慕尚清談道德空言。“明朝以八股取士，一般士子，除了永樂皇帝欽定的《性理大全》外，幾乎一書不讀。學術界本身，本來就像貧血症的人，衰弱得可憐。”這種不讀少學的固陋，梨洲就曾親見不少，在文章中舉過例子。而慕好空言的典型情形，大抵如明亡後批判者所形容的那樣：“無事袖手談心性，臨危一死報君王。”實則梨洲自己原也未能逃脫于此風氣之外，一面為應舉虛擲不少光陰，一面被交際征逐弄得浮在表面，雖然我們說秦淮河畔風流有着精神解放的意味，但學問上的輕淺也是其中不必諱言的弊端。及南京失陷，梨洲又投身抗清事業，仍是東奔西走。總之，前後加起來得有三十年，梨洲實在既無時間，也沒有心思，專心于學問。抛開客觀原因，從梨洲自身找找主觀原因，我們覺得年齡大概是個決定性因素。年齡之所以每每影響或左右了人的胸襟、識見和器局，是因為它代表閱曆和人生經驗，許多年輕時見不到、理解不了的東西，經過一定歲月的洗濯，卻慢慢地接近了。生活實踐确實是一部大書，或一位無言而又極為善誘的老師，它會把沉郁的道理不動聲色啟發給你，對于有領悟力或善于反思的人來說，尤其如此。梨洲無疑就是這樣一個人。他天性相當通透、自由，這意味着他不會循規蹈矩、為讀書而讀書；相反，一度或對某種讀書比如“死讀書”還有所排斥或抵觸，童年時把學業丢在一邊，偷讀演義，反映着他這種性格。但他其實又是真正的讀書種子，一旦讀書的意義與熱望從内心點燃，成為思考的需要與自覺，他的創造力就噴薄而出，遠遠超過許多似乎從來都是埋頭苦讀的人。
對梨洲來說，抗清失敗不僅是一生思想轉折點，也是學問上的轉折點。全祖望說：“海氛澌滅，公無複望，乃奉太夫人返裡門，于是始畢力于著述。”邵廷采則說：“遂奉太夫人避居山中，大啟蕺山書，深研默究。”塵埃漸落，梨洲于痛苦和迷惘中，有生以來真正感覺到了研讀的渴望，過去從未認真碰過的老師的書，都被找出來，從頭學起。為何如此？他自己有個總結：
受業蕺山時，頗喜為氣節斬斬一流，又不免牽纏科舉之習，所得尚淺。患難之餘，始多深造，于是胸中窒礙為之盡釋，而追恨為過時之學。
“患難之餘，始多深造”，這句是關鍵。他還有一段話：“天移地轉，僵餓深山，盡發藏書而讀之，近二十年，胸中窒礙解剝，始知曩日之孤負為不可贖也。”過去，為了舉業，為求出身和功名，他被動地讀，但全無感覺，更不必說開竅，乃至隐隐為之生厭、有意待以“孤負”的态度。如今，經過了颠沛流離、苦海浮槎，讀書一下子閃現全新的意義，煥發奪目的光澤，是如此充盈、豐滿、厚實。
歸根到底，在于喪亂之後的讀，終于發見了自己、走向自己。他這種人，注定不能在名缰利鎖的驅趕之下讀書和為學，不少讀書人屬于此類，但真正的思想者都不是。對梨洲，那反而是一種毀壞，一旦與人展開試卷優劣較量，他會一無是處，會把他自身種種優長——獨立的思考與發現、深刻的憂患、巨大的心靈、求知解惑的饑渴與能力等等，全都丢在一邊，沒有用武之地。所以從頭看過，“初锢之為黨人，繼指之為遊俠，終廁之于儒林”，初、繼、終，這三部曲在梨洲竟是環環相扣、缺一不可。他非得有那樣的初，那樣的繼，才有那樣的終。有的人，無須什麼初和繼，三腳兩步，一下就廁于儒林；更有“連中三元”的極品，接連解元、會元、狀元，一馬平川、略無停頓。這是另一種“儒林”，梨洲所能“廁”的，不是這一種。所以他得等到四十歲後，曆了許多磨難、看了許多滄桑，才開竅，才找到讀書和為學的感覺。就此言，那個“天崩地解”“天移地轉”的時代，于他既為不幸，又是一大幸運。如非這現實的激發、刺痛和曆練，他也許還覺悟不過來，也許還握不住自己的本質。現在，他無疑牢牢抓在手裡，而所有的苦難、愀然和悲悶，都化為一筆巨資，助他一躍登上時代思想之巅。
邵廷采說，梨洲“大啟蕺山書，深研默究”後，得一結論：
世知蕺山忠清節義而已，未知其學也，其學則集有宋以後諸儒大成，聖人複起，莫之易也。
一般隻把老師作為道德楷模，連同他思想也被道德化了，然而那是表皮；老師的書是對人生和世界的研究，表述并提供了深刻認識和思想的方法，是宋以來儒家哲學的總結。正因意識到劉宗周學說有豐富的思想價值，梨洲幡然醒悟，像發現了閃閃發光的金子。這種發現，不僅來自劉子學說本身，更有時代現實際遇的作用。梨洲未經“患難”，并不能察，而現在懷着苦悶、蒼茫、痛怅、沒有出路的心情，卻才讀到和讀懂。在這“天崩地解”的時刻，老師之學好像一劑解藥，可救世上精神苦無支撐之人。他自己已經從中找到了支點，而覺着必有更多與己同感的人也能受益。這是他忘憂鑽研蕺山思想體系，想要傳播它，向人們講授它的原因。
應該說，梨洲的認識是痛定思痛的結果。明之未亡，他同一班青年才俊寄希望于政治的改革，并緻力于此；明既亡，他在不甘中，效螳臂之奮，去盡最後一點抵抗的餘力；明終于亡定，他曾萬般苦痛卻終不沉淪于此，“獨坐雪交亭”窮思冥想，要為亡國從曆史及精神上找出說法、提取教訓，待望民族的複生。他的這番精神軌迹，也非常投合當時一切有責任、有擔當、有批判的愛國知識分子的心路，這就是為什麼他能在自己的時代脫穎而出，成為思想宗師。
甬上青年學子苦悶中聽到萬氏兄弟對梨洲思想的宣揚，便有找到出路之感，聯袂投在他的門下。邵廷采曾将他對劉宗周思想的燭照，歸納為四個方面，“要其指歸之精微者有四”。這四個方面，牽涉宋明理學許多專門内容，不易普通讀者了解。從通俗的角度，我們推薦全祖望下面的概括：
公謂：“明人講學，襲語錄之糟粕，不以六經為根柢，束書而從事于遊談。”故受業者必先窮經，經術所以經世，方不為迂儒之學，故兼令讀史。又謂：“讀書不多，無以證斯理之變化，多而不求于心，則為俗學。”故凡受公之教者，不堕講學之流弊。
力倡為學求知、思想恪守三義：一、戒空談；二、多讀書；三、證于心。明代亡國，有說亡于空談，單這麼講或有些以偏概全，但士大夫滿口道德虛言、遇事無真才實學，确為長久的痼疾，國家雖非直接亡于此，可高談闊論怎樣一點點把國家拖垮，從趨勢來講一目了然。而刨根問底，空談成風或标語口号、豪言壯語大行其道，根源實在于不讀書，國家以空頭文章八股取士，徹底毀掉了士林，無知者無畏，不讀書者少學無知，少學無知故敢誇誇其談且不以為恥，前面我們也曾講過梨洲親眼見過的幾個這類極品，所以他痛陳必須重視讀書。多讀書、肯讀書，不單單是多幾本、少幾本的問題，而在于培育一種“尊重知識”的态度。如能尊重知識，進而則能尊重事實，養成知輕重明深淺、謹言慎行、言必有據、言必講理的理性客觀風氣。最後，多讀之外，還要有“證于心”的覺悟和意識；“證于心”，“知”才不是死學問，才能夠從“知”變為“識”。“證于心”的實質，是一個“誠”字；所謂心，并非随心所欲之心，而是不矯不僞、清澈澄明、與物無違之心，劉子目為主客觀統一體：“心無體，以意為體；意無體，以知為體；知無體，以物為體。”心能如此，可緻“誠意”，“誠意”并非人格層面上的真誠、守信，是客觀與主觀、主觀與客觀雙向圓融通暢，讓認識真正透明，掃除矯、僞和各種窒礙，如事物本來那樣認識事物。
雖然梨洲的批判和總結，得之明代，并針對當時現實，但我們身在其他時代，卻同樣可以深有同感。那時距今，中間隔有三百多年，然而很多情形讓人頗為眼熟。筆者出生于二十世紀六十年代，自幼記憶之中，中國便空談成風，标語口号、豪言壯語大行其道。尤其也不欲人讀書，至言“知識越多越反動”，辦任何事都擯排理性、不重客觀，講“人定勝天”，講“大無畏革命氣概”等。經過“文革”慘痛教訓，公然的“讀書無用論”雖不再彈，知識權威及信仰卻仍難以恢複，表面上教育背景或學曆重新變得重要，實際上對于讀書普遍隻抱實用、功利态度，不為健全頭腦而學，視為考試、職稱、進身的敲門磚。據近年《中國青年報》：“聯合國教科文組織進行的一項調查顯示，全世界每年閱讀書籍數量排名第一的是猶太人，平均每人一年讀書64本。而中國13億人口，扣除教科書，平均每人一年讀書1本都不到。”“在全國有限的人均購書中，八成都是課本教材。在各大書店的銷售統計中，教材參考、考試輔導類書籍也占了很大比重。”亦即本已可憐的閱讀量中，絕大多數出于功利需要，而非求知目的。新形勢下，當年“讀書無用論”，如今翻成“讀書有用論”：
時下，一種新的“讀書有用論”正悄然流行，非“有用”的書不讀，而“有用”的定義變得非常狹窄。
無用、有用，内裡皆因視知識若無物。前引梁啟超批評明代人不讀書，“一般士子，除了永樂皇帝欽定的《性理大全》外，幾乎一書不讀”，也談到呂留良立志教育改革等，拿當代情形對比一下，大家是否覺得非常相似？而不讀書則是表象，根子在對真知、真學、真相漠不關心，僞知、僞學、僞相卻吃得開、行得通。這勢必陷整個社會的精神于病态，人們都不求思想與客觀或真确事實一緻，也不求内心的澄明清澈，隻在豬油蒙心狀态中混世兼自欺。所以，當明朝真正亡國以後，梨洲和顧炎武等一批傑出人士，對亡國教訓的反思，不再僅滿足于社會現實批判或曆史的周期性興衰等老生常談，而将層次提高到思想結構及方法的良莠正誤，直指明朝的崩潰根植于精神文化的失敗，令人茅塞頓開。甬上青年學子對梨洲趨之若鹜，确因他撥亮了大家心中原本幽暗的燈草，突然亮堂起來。繼看以後，我們說清代學術和思想風氣，較明代有一百八十度大轉彎，從慕好空談虛言一下子轉到重客觀、重實學和實證的樣貌，對此過去較多看到異族統治的壓制和禁锢作用，實則更有一代人基于明朝亡國，痛定思痛，在思維方式上主動求變的因素。