以梨洲大節有虧，前有晚村暗諷，後有章太炎明指。
章氏《衡三老》評點“三老”清初三大思想家，以王夫之為“最清”，顧炎武也不分軒轾，而嚴厲批評梨洲“以明夷待訪為問，陳義雖高，将俟虜之下問”，以及“令其子百家從事于徐、葉間。若曰明臣不可以貳，子未仕明，則無害于為虜者，以《黃書》種族之義正之，則嗒焉自喪穎！”指責《明夷待訪錄》為讨好滿清統治者而作，自己雖未出來為滿清做事、避免“貳臣”尴尬，卻讓沒有在前明做官經曆的其子黃百家聽命于滿清權貴徐（即“昆山三徐”）、葉（即葉方藹）；認為梨洲如此作為，若與王夫之有堅定民族立場的《黃書》相比，宜謂“嗒然自喪”。
太炎先生這裡雖未提到呂留良，但上述觀點，當多少受到了呂的影響。因為最早就梨洲為人提供上述視角的，正是呂留良；其次，呂終身堅持反清立場以緻是它最後的偉大象征，在清末同樣高舉種族旗幟的激烈反清的章氏，感情上以呂為親近，是必然的。此實有明确的旁證。1912年，民國設稽勳局，搜集當世及過去于“光複”有功之英烈人物，章太炎為此曾複信稽勳局局長馮自由，“讨論革命諸子酬庸之事”。他認為除創立民國的功勳者外，還要“追懷先烈，有造于我民國，如木水之有本源”，提出了由明入清時的名單。有“明末遺臣國亡以後百折不回者”，有“耆儒碩學著書騰說提倡光複者”；于後一類，首列王夫之，顧炎武、傅山次之，呂留良及子呂毅中、弟子嚴鴻逵等又次之，而梨洲之名無與焉。
章氏以清末民初思想學術巨擘身份，此論既出，自不乏擁趸，而内中頗具份量的響應者，有陳寅恪先生。陳晚年名著《柳如是别傳》稱：“後來永曆延平傾覆亡逝，太沖撰《明夷待訪錄》，自命為殷箕子……以清聖祖比周武王，豈不愧對‘關中大儒’之李二曲耶？惜哉！”指《明夷待訪錄》是為了邀新統治者盼睐而寫，這個觀點大抵承自章太炎，同時使章說更具體，認為梨洲以箕子自居，而他所“待訪”的周武王，便是清聖祖康熙皇帝。
不過，駁難者也大有人在，份量也旗鼓相當。首先就是梁啟超先生，他直截了當地表示：
章太炎不喜歡梨洲，說這部書是向滿洲上條陳，這是看錯了。《待訪錄》成于康熙元、二年。當時遺老以順治方殂，光複有日。梨洲正欲為代清而興者說法耳。他送萬季野北行詩，戒其勿上河汾太平之策，豈有自己想向清廷讨生活之理？
正如章說擁有陳寅恪那樣強大的附和者，梁論亦不乏地位頗堪匹敵的支持者。錢穆先生便持一樣的立論，既有發揮，又提出新的旁證：
惟考康熙己未，萬季野至京師，梨洲送之，戒以勿上河汾太平之策。時已距《待訪錄》成書十五、六年。則梨洲之不可奪者不确如乎！亭林詩亦雲：“未敢慕巢由，徒誇一身善。窮經待後王，到死終黾勉。”亡國遺臣之不能無所待者，正見其處心之愈苦耳。
錢穆一是指出時隔十五六年，萬斯同去北京參加明史編修工作時，梨洲還嚴囑弟子隻以學者身份為修明史獻力，不可為當局在政治上出謀劃策“河汾太平之策”典出隋代王通事，王通曾至長安向隋文帝獻《太平策》十二道，更不必說梨洲當年自己寫《明夷待訪錄》有此居心。其次，他引了顧炎武（号亭林）為旁證；顧是堅定反清的，連章太炎也這樣高度評價他，然而顧同樣有“待後王”的思想和願望。“未敢慕巢由，徒誇一身善”的意思，是不屑于做巢父、許由那樣的人，以獨善其身為滿足，而一定要積極投身現實、兼濟天下。換言之，梨洲自比箕子、以待後王的想法，在正宗儒士當中，十分正常，根本不能解讀為“俟虜之下問”。就此，我們為錢穆提出的旁證也提出一個旁證，顧炎武讀到《明夷待訪錄》後，具函于梨洲論之：
頃過薊門，見貴門人陳、萬二君應指梨洲弟子陳錫嘏和萬言，具谂起居無恙，因出大著《明夷待訪錄》，讀之再三，于是知天下之未嘗無人，百王之敝可以複起，而三代之盛可以徐還也。天下之事，有其識者未必遭其時，而當其時者或無其識，古之君子所以著書待後有王者起，得而師之。
這裡，顧炎武言及“古之君子所以著書待後有王者起”，态度極自然，覺得是有志君子一種很常有的想法，而毫無以為梨洲意在讨好滿清的反應。由此也可見，章太炎、陳寅恪的反應，有其不自然和誇張，脫離了古代儒者的思維方式。
章、陳等疑梨洲大節有虧，從《明夷待訪錄》各篇正文，并不能獲得任何支持；他們的根據，都在前頭的那篇《題辭》。好在其文不長，下面整個抄一遍，以細辨梨洲原意：
餘常疑孟子一治一亂之言，何三代而下之有亂無治也？乃觀胡翰所謂十二運者，起周敬王甲子以至于今，皆在一亂之運、向後二十年交入“大壯”，始得一治，則三代之盛猶未絕望也。前年壬寅夏，條具為治大法，未卒數章，遇火而止。今年自藍水返于故居，整理殘帙，此卷猶未失落于擔頭艙底，兒子某某請完之。冬十月，雨窗削筆，喟然而歎曰：昔王冕仿《周禮》，著書一卷，自謂“吾未即死，持此以遇明主，伊、呂事業不難緻也”，終不得少試以死。冕之書未得見，其可緻治與否，固末可知。然亂運未終，亦何能為“大莊”之交！吾雖老矣，如箕子之見訪，或庶幾焉。豈因“夷之初旦，明而末融”，遂秘其言也！癸卯，梨洲老人識。
其中，梨洲叙說了本書的寫作經過。前年壬寅夏，即1662年夏天，梨洲開始動筆。“未卒數章，遇火而止”，謂寫了沒有多少，因火災而擱下了。考《黃宗羲年譜》，得知是年“二月壬子八日，龍虎山堂災。五月乙亥三日，故居又災。公詩所雲‘半生濱十死，兩火際一年’是也。”結合那個“夏”字，可知“遇火而止”的火，應指第二場即五月三日火災。由此又考得《明夷待訪錄》寫作地點，為黃竹浦故居。故居失火後，當年九月，梨洲暫遷藍溪陸家埠居住，一年多後“返于故居”，意外發現書稿尚未毀于火而幸存，于是在“兒子某某”請求下，于癸卯年（1663）十月重新恢複寫作。
除了寫作經過，《題辭》另一内容是談寫作動機。他說，從前自己對于孟子總結的“一治一亂”的曆史規律，頗存疑問，因為“三代而下”的曆史情形“有治無亂”，對不上号。直至了解到胡翰“十二運”之說，這個疑問方才釋然。胡翰是元末明初碩學，曾在太祖年間參與修《元史》，歸居長山之陽，世稱“長山先生”。“十二運”應是胡翰獨創的一種曆史模型，筆者聞窄，不知其詳，僅從梨洲知一大概：“起周敬王甲子以至于今，皆在一亂之運、向後二十年交入‘大壯’，始得一治”。周敬王名姬匄，紀元前519—前475年在位；胡翰說從那時直到當下皆在“一亂之運”當中。他肯定有自己一套推導方式，雖然我們并不了解細節，然據“大壯”一語略知其由《周易》生發。大壯，是六十四卦之一；孔穎達疏：“壯者，強盛之名。以陽稱大，陽長既然多，是大者盛壯，故曰大壯。”古代儒者很信賴易學，覺得可以推演政治曆史以至萬物的規律，梨洲本人也是易學專家，曾經花了很大功夫研究它。在此，我們雖不具備相應的知識和能力來探讨個中問題，然而仍可讀懂一點：以梨洲的易學認識和造詣，他覺得胡翰的假說已經說服了自己，使他先前對長亂不治的困惑得以消解；概括起來，從周敬王時代起曆史進入一輪“大亂”，而現在是這黑暗時光的尾聲，曆史不久即将脫離大亂而達“大壯”。
因為參破這一點，或者說終結了已久的困惑，他于是着手去寫《明夷待訪錄》。“條具為治大法”，便是想為即将到來的治世備具方略。很清楚的，這裡的治世，是指經過二千多年痛苦的積累和轉化，才迎來的由亂而治的大的曆史輪回，絕不是清之代明這種朝代更疊的小範圍、淺層次之事。換言之，雖然梨洲的确是在“上條陳”，但這條陳絕不是上給特定某個朝代，更不是上給康熙這個特定皇帝，他是上給漫長亂世之後終于應運而生的“聖王”——那實際上是一種抽象的體現曆史正義的理想化身。我們自然知道，他不過是靠着易學的神秘推算，來認定一個所謂“大壯”時代即将到來，這假設本身沒有多少道理，但他自己笃信不疑，因此要未雨綢缪，提前替它從思想上做好準備，以供将來“聖王”采納，來盡一個智識者的責任義務。
不錯，他講到了箕子；箕子故事，也确有以殷遺臣而受周武王之訪的含義。但何以見得梨洲“自命為殷箕子”，就是“以清聖祖比周武王”？陳寅恪先生這一番聯系，未免過于跳躍。《明夷待訪錄》動筆于康熙元年，經火災中辍，續作于康熙二年。而我們知道，玄烨登基年甫八歲以今之算法，實齡七歲，政事由顧命大臣行攝，直到十四歲才正式親政。那麼，作于康熙元、二年的《明夷待訪錄》，其“聖王”怎可能是指尚在沖齡且未親政的“清聖祖”？其實，熟悉梨洲生平的人很容易發現，“以清聖祖比周武王”之臆想出自一種倒推；梨洲後來确對玄烨有不少的溢美與稱頌，陳氏是從這個印象出發，将《明夷待訪錄》中“聖王”的所指，與玄烨混為一談，他忘記了從時間上說這在當時還不可能。
那麼，梨洲“如箕子之見訪”究竟何意？此需進而看箕子故事的深層含義。
箕子乃商王室貴戚，纣王之太師。纣王失德，箕子與比幹等數谏而不納。比幹被處極刑，“刳視其心”。“箕子懼，乃佯狂為奴，纣又囚之。”後來，武王克殷，“訪問箕子”；“問箕子殷所以亡。箕子不忍言殷惡，以存亡國宜告。”箕子回避談論殷的醜惡之處，而隻以周國應該怎樣做正确告知武王。
這是箕子故事較完整的廓蓋。從中可見，箕子與周武王事，除了國家層面互為敵人的關系，還有一個正義、非正義主題。纣王雖為本國之主，卻是惡的代表；武王雖為敵國之君，卻居仁義及善。實際上，這個曆史典故所以使人津津樂道，萦繞千載，就在于它内有的矛盾複雜性。結合完整語義，梨洲自比箕子，首先是基于過去二千多年都為“一亂之運”的判斷，自己是這亂世的孑餘，有幸要逢着亂世的終局而邁向“大壯”，這意味着必将要有一位武王般的“聖王”出世，于是自己便欲仿效箕子，對未來的“聖王”“以存亡國宜告”。箕子為武王出《洪範》，《明夷待訪錄》也是梨洲的《洪範》，同樣是講堂正善好的治世之道。我覺得，他自比箕子，一方面指過去二千多年都是亂世；另一方面，内心恐怕和箕子一樣，以所出身的本朝亦即明朝為惡。這樣的思想感情，他是有的。或許，他有很多直接的聯想；萬曆尤其天啟以來的明朝與殷末不分伯仲，也有纣王，也有比幹比如許多東林慘死者、微子和箕子。在這種現實聯想中，他是把自己放進去的。不過，那位“武王”，主要還是一個抽象、未知的形象，是一種正義美善倫理的概念。他在艱難中，等待着這樣的人或時代出現。能不能等到呢？實則他内心也并無把握，故而寫到王冕，說：“昔王冕仿《周禮》，著書一卷，自謂‘吾未即死，持此以遇明主，伊、呂事業不難緻也’，終不得少試以死。”王冕是由元入明之人，當時大概以為黑暗即将過去，很快迎來光明；但顯然朱元璋并非那樣的人，王冕理想“終不得少試以死”。梨洲暗示，這也可能是他的命運。但他不肯棄望，說“吾雖老矣，如箕子之見訪，或庶幾焉。豈因‘夷之初旦，明而末融’，遂秘其言也”。“夷之初旦，明而末融”亦本《周易》，“明夷”乃六十四卦之一，程頤釋其教益曰：“君子當明夷之時，利在知艱難而不失其貞正也。在昏暗艱難之時，而不能失其正，所以為明君子也。”所以梨洲的意思就是，時下雖然昏暗艱難，但我不能為它困住、灰心，把所思所願帶到墳墓裡去；我還是要表達，要說出來。
我們依憑文本，逐字逐句看下來，沒有辦法贊同章、陳等先生關于《明夷待訪錄》是向清統治者上條陳抑或為玄烨歌功頌德的見解。甚至，我們也不贊同梁啟超、錢穆為駁章太炎而提出的“以順治方殂，光複有日。梨洲正欲為代清而興者說法耳”那番意思，它也是牽強的。梨洲的思考，是一種對很大範圍的中國曆史去從的思考。“明夷”，是艱難中不棄的情懷；“待訪”之所“待”，指向未來的人道社會的複興。
故而，明裡暗裡指責梨洲有變節之嫌，尤其是諷他出于“勢利”而媚時，并以《明夷待訪錄》為證狀，絕然有失公允。這極大減損了《明夷待訪錄》對中國思想和曆史文化的意義。事實上，《明夷待訪錄》是中國儒家思想體系從其自身曆史模型和邏輯，就公平正義、文明方向或何謂“好社會”而提出的既具近代高度又具原創性的構想；這種曆史的遠眺，不可能針對滿清那等文明水平政權而發，章、陳的解讀不但貶抑了梨洲的思想含量，也勢必遮蔽中國思想自身進化的線條。有關《明夷待訪錄》以及梨洲其他著作中的政治及社會倫理内涵，後面我們擇機專門再論，此處先替他辯洗誣謗。