康熙二十七年(1688)，七十八歲的梨洲開始考慮後事。他寫信給遠在北京的兒子黃百家：
吾死後，即于次日舁至圹中，殓以時服，一被一褥，安放石床，不用棺椁，不作佛事，不做七七，凡鼓吹、巫觋、銘旌、紙錢、紙旛，一概不用。
黃百家是因修《明史》而被清廷征召至京。一見信，他便“皇遽告辭”，請假回鄉。上司得知，也當即特準其“在家纂輯，攜書亟歸”。總之,信中的想法，任何人看來都足堪驚駭。
厚葬，是中國重要而根深蒂固的傳統，它來自居正統地位的儒家倫理。春秋末年，比孔子後起、同樣在魯國推銷其學說因而與儒家有思想競争關系的墨子，曾以诋毀的口氣談道：
厚葬久喪，重（讀chónɡ）為棺椁，多為衣衾……此足以喪天下。
梨洲眼下表示要做的，似在迎合墨子的批判，兩者驚人地吻合。我們來看他的具體打算：一、死後第二天就入土——這是反對“久喪”繁瑣冗長的過程。二、“殓以時服”，下葬時隻想和日常一樣着裝——這是拒絕專門置辦壽衣，反對“多為衣衾”。三、所有大操大辦、烏煙瘴氣的套路，那些意在營造哀榮氣氛的厚葬風俗與手法，他欲一應擯除。四、最驚世駭俗的，當系“安放石床，不用棺椁”。棺椁，是厚葬的内容重點和集中體現。以往每個中國人，一俟人到中年，即以擁有一口好棺木為餘生奮鬥目标。它與人之間，有标識貧富賤貴之差的意義。富貴的程度及等級每提高一步，都在棺木上有所表現。《莊子·天下》：“天子棺椁七重，諸侯五重，大夫三重，士再重。”椁，是棺外所套大棺。天子從裡到外有七層，諸侯五層，為官者可以三層，知識分子可有二層，普通平民有棺無椁。這就是墨子“重為棺椁”一語的具體内容。倘依古制，梨洲可享受一棺一椁的待遇，而他的意思是什麼也不要——實際上，他想要裸葬。
我們暫不探讨他這麼做的原因，而先指出其後果。以當時論，以上想法倘然果行，有兩點是一定的：第一，梨洲本人将被目為離經叛道。第二，子女親屬必然背負沉重巨大的不孝罵名。
梨洲非墨子，不是任何意義上的儒家反對者。相反，他是地地道道的名教中人，是明末尤其自清朝康熙年以來享譽儒林的耆宿、大儒。祼葬之念，根本逾越、違背了儒家“核心價值觀”。這一點，他當然清楚。
真正的壓力在子女親屬身上。就梨洲個人言，既抱定一種價值觀，是可以不顧物議，以“身後是非誰管得”的态度，超然去往另一個世界。而子女親屬無法做到超脫，他們将繼續留在人世，去面對強大的輿論和習俗。儒家倫理有如一張蛛網，覆蓋生活每個角落；何況蛛網早不僅結在外部世界，也布滿和裹住了每個人自己的心靈。
所以，願望能否實現，直接和最大的障礙或許恰恰是家人。梨洲給黃百家寫信，距其終辭人世，尚有七年。之所以早早放出風聲，一定出于周詳的考慮。第一，以此表示，祼葬意願不是心血來潮，而是鄭重的決定；第二，留出充分時間做家人的工作，使他們最終能夠消化這一想法。畢竟，身後事将由家人料理。他本人再堅決，願望都有兩種可能：被執行，或者不被執行。他需要防範因家人思想不通，死後在身不由己的情況下，葬事被處理成自己所反感的樣子。
事情正如所料，七年中，親屬一直設法勸他收回成命，但他從不稍動。康熙三十四年（1695），他于這年逝世，年逾八秩的黃宗羲，把當初借書信吐露的心聲，正式立為遺囑，此即收在《黃宗羲全集》第一冊的《梨洲末命》。明确規定：“吾死後，即于次日之蚤，用棕棚擡至圹中。一被一褥，不得增益。棕棚抽出，安放石床。圹中須令香氣充滿，不可用紙塊錢串一毫入之；随掩圹門，莫令香氣出外。”又新增有關祭掃的要求：一、“上墳須擇天氣晴明”——必須是陽光燦爛的日子，斷不可恪守俗期而在陰雨天緻祭。“清明時節雨紛紛”，梨洲卻讨厭陰雨天，表示不必拘此俗禮；二、“凡世俗所行折齋、做七”，這些神神鬼鬼的儀式，“一概掃除”；三、憑吊者不得攜紙錢、燭火之類，“盡行卻之”，對那些“相厚之至”而堅持有所表示的親友，可以告知歡迎他們“于墳上植梅五株”。
對這份正式遺囑，親屬也不甘心接受。過去七年，黃宗羲三子中長子、次子相繼殁故，眼下，三子百家是遺囑唯一執行人。這意味着全部壓力，俱落其一人肩上，他難以支承，便求族中長者做父親工作，俾事稍稍可行。黃百家提出：“諸命皆可遵，獨不用棺椁一事，奈何？”擱棄其他争議，隻請黃宗羲同意用棺。但在黃宗羲，裸葬正是不可更改的。為此，他端出父道尊嚴的架子：“噫！以父之身，父不能得之子耶？”父親的吩咐，兒子可以不照辦麼？
他知道，光靠“父為子綱”不行，還要講更多的道理。他專門作了一篇《葬制或問》，征史稽古，論證祼葬之舉既有充分依據，更為不少先賢所實踐。主要引述了四件材料：第一，《西京雜記》記載，直到漢代，“所發之冢，多不用棺”，說明裸葬不單曾經很普遍，且更合古風、古意。第二，東漢大儒、《孟子章句》作者趙歧“敕其子曰：‘吾死之日，墓中聚沙為床，布箪白衣，散發其上，覆以單被。即日便下，下訖便掩。’”第三，宋代命理大師陳希夷，著名的“陳抟老祖”，“令門人鑿張超谷，置屍于中”。第四，漢武帝時“楊王孫裸葬，而子從之，古今未有議其子之不孝者”。
楊王孫的例子，是專講給黃百家，幫他打消顧慮的。楊王孫是實行裸葬的代表人物，他的特點在于，“家業千金”，以極富之人而堅決抵制厚葬，立遺言：“吾欲臝（通“裸”）葬，以反吾真，必亡（同“勿”）易吾意。死則為布囊盛屍，入地七尺，既下，從足引脫其囊，以身親土。”其子萬般為難，“欲默而不從，重廢父命，欲從，心又不忍”，便請父親的至交祁侯代為相勸，祁侯給楊王孫寫了一封信，楊王孫修書作答，條分縷析，祁侯完全折服，“曰：‘善。’遂臝葬。”
《葬制或問》，便是梨洲版的《答祁侯書》。文章替反對者設想了各種理由，并揣摹他們可能的心态及做法。其中寫道：“問者曰：‘诤之不可。父死之後，陰行古制，使其父不背于聖人，不亦可乎？’”顯然是給兒子打預防針，戒之不得陽奉陰違，嚴厲指出：“惡！是何言也！孝子之居喪，必誠必信……父之不善，尚不敢欺。父之不循流俗，何不善之有？”敢作此想，豈止不孝，何異欺父、叛父。
又将兩首詩，付諸子手：
築墓經今已八年，夢魂落此亦欣然。莫教輸與鸢蟻笑，一把枯骸不自專。
年來賴汝苦支撐，雞骨支床得暫甯。若使松聲翻惡浪，萬端瓦裂喪平生。
鸢蟻，指大大小小生靈。松聲，以墓旁常植松柏，借喻墓園環境。他說：别讓我一把枯骨不能自專，連鸢蟻之類都不如；别讓我于九泉下聽到那樣的消息，兒子在人世違我意願，令我一生瓦全亦不可得。話說得很重，也相當懇切。
黃百家述至此，枉然歎道：“嗚呼！嚴命如此，不孝百家敢不遵乎？”