梁啟超說：“大抵清代經學之祖推炎武，其史學之祖當推宗羲。”梨洲對史學抱頭等的重視，“拘執經術，不适于用，欲免迂儒，必兼讀史”，認為史的意義不在經之下，可補經的不足，尤其是使人不迂腐。當然，中國人對史的重視，由來很久，梨洲的看法也不甚新鮮。不過，很多人所謂重視曆史，是沉湎舊史，“自将磨洗認前朝”，所謂鑒古知今，從舊史中讨生活。但梨洲不同，梨洲的史學直指當下，肆力于當代史建設，斷非尋章摘句老雕蟲。這是他一項了不起的貢獻，乃至某種意義上，他與新朝官員有所來往、對新朝一些舉措有所回應，實與他積極建設當代史的抱負有關。
康熙十七年诏征“博學鴻儒”，梨洲百般推辭。翌年開明史館，總裁徐元文舉梨洲參與修史，梨洲自己雖通過地方官“代以老病疏辭”，卻贊成弟子萬斯同參與，又讓兒子黃百家代己前去，對徐元文說：“今吾遣子從公，可以置我矣。”兩件事本身有區别，“博學鴻儒”屬于接受清廷職務，而修明史雖是清廷官方行為，事情本身卻僅關著述，可以個人身份預其間。萬斯同開出的條件便是，“給他官，他不要，請以布衣參史事，不署銜，不受俸。”黃百家當亦如此。除了這點差别，更主要的還是梨洲對當代史的修撰很看重、很迫切，覺得責無旁貸，必須參與、廁身。他可不是那種置現實于不顧、徒标氣節、獨善其身、把愛惜羽毛放在第一位的遺世之士。他推崇史學的價值，首先是使人“免迂腐”。像修史這麼緊要的事，以個人品節為重置身其外，就是迂腐，甚而對曆史放棄責任。所以他态度非常積極，說白了，修撰當代史不能缺席，必須有“自己人”參加。他多方考慮，覺得自己回避，而由兒子和弟子參與，具有合适的分寸，是兩全之策。
萬斯同動身之際，梨洲專門寫詩三首，給以囑咐：
史局新開上苑中，一時名士走空同。是非難下神宗後,底本誰搜烈廟終。此世文章推婺女，（明初修《元史》，以宋景濂、王子充為總裁，皆金華人。今以徐立齋、葉讱菴為監修總裁，皆昆山人，故以為比。）定知忠義及韓通。憑君寄語書成日,糾謬須防在下風。
管村彩筆挂睛霓，季野觀書決海堤。卅載繩床穿皂帽，一篷長水泊藍溪。（餘所居地。）猗蘭幽谷真難閉，人物京師誰與齊。不放河汾聲價倒，太平有策莫輕題！
堂堂載筆盡能人，物色何緣到負薪。且莫一詩比老婦，（楊鐵崖有《老婦行》，上太祖。）應憐九袠有萱親。重陽君渡盧溝水，雙瀑吾被折角巾。莫道等閑今夜月，他年共憶此良辰。
第一首強調高度重視修明史的工作，尤其是萬曆至崇祯這一段“當代史”，以此對萬斯同寄予厚望，甚至是托付；“糾謬須防在下風”，要他很好地把握這段曆史，和各種謬誤、不實做鬥争，争取寫出一部信史。第二首告誡弟子，在編撰工作中大膽發揮和釋放才學，有充分自信，敢與任何别的作者較其短長——但是僅此而已，不參與當下政治、絕不為當朝出謀劃策。第三首講了兩方面的意思，一是史館羅緻一時之士，作為山野布衣能廁身其中，機遇難得，值得珍惜；然而其次，勿因而生出“非分”之想，以緻出離參預其事的本意。他用了楊維桢（号鐵崖）的典故。楊由元入明，朱元璋召其修禮樂書，初不應，賦《老客婦謠》，“豈有老婦将就木而再理嫁者耶”，後無奈至南京，百有一十日，俟所修書叙例略定，即乞歸家。梨洲要萬斯同以楊維桢為榜樣，事畢即還，勿陷染朝中。“應憐九袠有萱親”，是說時刻想着家中還有老母。“重陽君渡盧溝水，雙瀑吾被折角巾”，則說你重陽節過盧溝橋抵達北京時，要記得故鄉還有一個戴折角巾的老師。雙瀑即梨洲化安山書屋雙瀑堂；折角巾乃從前漢族布衣文人服飾，清人因辮發不用能，梨洲此時亦然，所謂“吾被折角巾”借指内心。
假此三詩，我們于梨洲對子弟參與清修明史之事，為何支持，以及要求他們怎樣做的态度，可謂了解得一清二楚。康熙二十八年（1689），萬斯同再度去北京，梨洲又以詩相送，句雲：“四方聲價歸明水，一代賢奸托布衣”。康熙三十一年（1692），複寄詩至北京，就修明史事諄諄教導萬斯同：“一部十七史，遷固與宋祁。但取征存亡，不貴修文辭。”“史臣職褒貶，權與宰相夷。”“布衣入史館，明初則有之。子今踵盛事，莫負此良時。”“不肯媚巨子，何況随纖兒！”都是講曆史叙述極其重要，治史責任之重大不亞于宰相治理當世，一定要積極參與，兢兢業業對待，使正确的曆史認知得存其中。他顯然是抱了對曆史的高度責任感面對此事，否則把個人名節放在第一位，置之不理，那才愧對曆史。
除讓子弟赴明史館，他自己也以各種方式支持明史編撰，努力施加影響。“先公《大事記》，神廟逮光熹。餘有《三史鈔》，《實錄》及家稗。傾筐授萬子，庶為底本資。”他把父親生前所寫萬曆至天啟年間《大事記》，自己所藏《明實錄》及多種野史，悉數送給萬斯同，作為修明史的資料。在當代史方面，他過去多年中早已下了很大功夫，編有《明史案》二百一十四卷，寫有各種回憶錄、親曆記、論傳、墓表，這些工作聞名在外，故有旨：“凡黃宗羲有所論著及所見聞，有資《明史》者，着該地方官鈔錄來京，宣付史館。”郡中奉旨來求，梨洲欣然出其著錄，據說郡中為此組織了幾十人，“繕寫進呈”，可見梨洲對《明史》編撰在資料方面貢獻頗巨。對《明史》的編寫體例，他亦有貢獻，如“儒林傳”之外不再單立“理學傳”。其他作用，略如梁啟超所說：“他雖不應明史館之聘，然館員都是他的後學，每有疑難問題，都咨詢他取決。《曆志》則求他審正後才算定稿，《地理志》則大半采用他所著《今水經》原文，其餘史料經他鑒别的甚多。”
我國曆代官史中，《明史》頗以高水準有美譽。梁啟超說：“現行《明史》，在二十四史中——除馬、班、範、陳四書外，最為精善，殆成學界公論了。”如今《明史》署名“張廷玉等撰”，是因張廷玉乃最後一任修書總裁。實際上，《明史》稿本主體，乃是王鴻緒《明史稿》。王在康熙、雍正年間，曾三度任《明史》總裁。但他這部《明史稿》，卻可謂史上最大一樁剽竊事件，剽竊對象就是萬斯同。這段故事，我們借梁啟超的撮述略窺一斑：
錢竹汀錢大昕說：“乾隆初，大學士張公廷玉等奉诏刊定《明史》，以王公鴻緒《史稿》為本而增損之。王氏稿大半出先生手。”《潛研嘗集·萬季野傳》蓋實錄也。乾隆四年張廷玉進《明史表》雲：“惟舊臣王鴻緒之《史稿》，經名人三十載之用心……”名人即指季野，不便質言耳。關于這件事，我們不能不替萬季野不平，而且還替學界痛惜。……季野費十幾年工夫，才把五百卷的《明史稿》著成。季野卒于京師，旁無親屬，所藏書籍數十萬卷，都被錢名世其人者全數乾沒去，《明史稿》原本，便落在王鴻緒手。……他得着這部書，便攘為己有，叫人謄抄一份，每卷都題“王鴻緒著”，而且闆心都印有“橫雲山人集”字樣，拿去進呈，自此萬稿便成王稿了。
簡而言之，高質量的《明史》，真正作者是萬斯同，或主要是他的傑作。按照“學界公論”，《明史》在二十五史中水準僅次于《史記》、前後《漢書》和《三國志》，因而可以說，萬斯同也是我國能與司馬遷、班固、範晔、陳壽比肩的傑出史家，可是就因為這樣一次剽竊事件，他不但失去了自己的成果，于今在一般讀者中也默默無聞。
全祖望《萬貞文先生傳》載：“諸纂修官以稿至，皆送先生複審，先生閱畢，謂侍者曰：‘取某書某卷某頁有某事當補入，以某書某卷某頁當參校。’侍者如其言而至，無爽者。”造詣這樣深，于史料文典簡直爛熟于心。且不光是飽學而已，眼光見識都高人一籌，史館凡“建綱領，制條例，斟酌去取，譏正得失，悉付萬斯同典掌”，“必就正折衷于先生而後定”。
這位《明史》主要作者，不光是梨洲的得意門生，且其參修《明史》，某種意義亦因徐元文說不動梨洲，遂以萬季野為其替身。對此，梨洲送季野北上詩是認可的，他借“此世文章推婺女”一句下面的自注，特别提醒季野注意自己實際上是作為浙東學者的代表前往。之後，又多次指點季野在北京以及史館做人做事的原則，而季野都恪遵不渝。他堅持不受俸、不領銜，以客人身份館于徐元文家，以示自己隻是民間曆史研究者，而非官方在編人員，“斯同與人往還，其自署則曰‘布衣萬某’，未嘗有他稱也”。我們知道這正是梨洲所至囑。另據方苞《萬季野墓表》，季野逝世前兩年，欲以所著史稿托其保存，“因指四壁架上書曰：‘是吾四十年所收集也，逾歲吾書成，當并歸于子。’”“吾欲子之為此，非徒自惜其心力。吾恐衆人分操割裂，使一代治亂賢奸之迹，暗昧而不明。子若不能，則他日為吾更擇能者而授之。”當時方苞有事南歸，“逾年而季野竟客死，無子弟在側，其史稿及群書遂不知所歸。”這其實可視為季野的臨終囑托，而其中所談，核以先前梨洲贈詩，處處見出季野對師囑念念不忘，包括向方苞介紹自己修史方法時提到“昔人于《宋史》已病其繁蕪”，也來自梨洲觀點。所以，萬斯同明史寫作，很忠實地貫徹和體現着梨洲的主張；換言之，這位《明史》主要作者背後，确有梨洲高大的身影。《明史》的修撰，梨洲雖未親為，所給予的影響卻應謂深刻。