黃尊素蒙冤血海，死不瞑目。但千般恨愁之中，有一點大概可讓他聊為自慰，那就是總算趕在被逮之前，為長子完婚。
天啟五年，麟兒年滿十六歲。是年年底，娶同邑葉氏為妻。親事當然是父親做主替他訂下。新娘子比新郎官年齒還長一歲，乃葉六桐之女。說起葉家，底蘊比黃家可要深厚許多。葉六桐曾任廣西按察使，本人是名詩人和劇作家；論其祖上，則“宋石林先生夢得先生之後也”。葉夢得，号石林居士，是兩宋間南渡前後的大詞家，官至刑部尚書。
十六歲，為明代男子法定婚齡。麟兒既娶，标志着他的成人。依禮，古時對已成人的男子不便直呼其名，或者說，本名僅供本人自稱，旁人直呼其名都為失禮；故有身份的人家子弟，要另取一個與本名含義相關的别名，作為表字，作為與人交際之用。黃尊素為麟兒所起表字，是“太沖”。眼下麟兒既已成人，我們也就不宜仍呼乳名，而應依其表字，改稱他太沖。
新婚不過三個月，缇騎就将父親緝拿。太沖“送至郡城”，郡城即紹興。到紹興後，不能再送，父子就此分手，不意竟成永訣。餞别時，黃尊素請他的好友，此時亦因得罪閹黨削籍還鄉的大儒劉宗周，收太沖為弟子。雖非托孤，心迹相同。古雲，一日為師，終身為父；對男孩子來說，良師的意義不遜慈父。完婚、拜師，從黃尊素替太沖最後安排的兩件事來看，他于此去的結局，胸中仿佛已經豁然。
又三個月，兇信自京傳至。姚夫人“痛哭至暈絕”，祖父黃日中“大書‘爾忘勾踐殺爾父乎’八個字”貼在太沖每日出入處。失父之痛，在男孩當更為刻骨，蓋因所失遠不止父愛，每個男孩都下意識以父親為榜樣，故而失父對于他們還有一層精神歸屬的亡佚之痛。
許多年後，兩位好友為他六十之壽，寫來賀文，他卻因此錐懷傷臆：
某不勝愕然，如昏沉夢中，忽然搖醒，記憶此身，方才痛哭。某十七失父，斯時先忠端公年隻四十三耳，某亦何忍自比先公，而以四十三年私為己有，乃不意頑鈍歲月，遂赢先公之十七，某之赢一年，是先公之縮一年也，何痛如之！人子之壽其父母，大約在六十以後，最蚤則五十耳。某不得遇先公之五十，申其一日之愛，又何敢自有其五十、六十乎？先公就逮之日，題詩驿壁雲：“中官弟侄皆遺蔭，孤孽何曾敢有兒。”齒發易銷，斯哀難滅，是馬毉夏畦皆得為壽，惟某有所不可也。
這時，距父親之死四十三年。父親時年四十三歲，自己十七歲，至今自己又比父親多享十七年人壽。這幾個數字巧合，令太沖五味雜陳、莫可名狀。在他心裡，無喜可言，反為至恸。幾十年渾渾噩噩，少年失父那份哀悃深深壓在心底，眼下被朋友賀壽“忽然搖醒”，令他面對如此凄慘的人生。“齒發易銷，斯哀難滅”幾個字，可讓我們了解四十三年前一幕，于太沖是怎樣揮之不去的噩夢。
巨禍突降，太沖因長子長孫之故，雖齡僅十七，肩膀尚猶稚嫩，也不得不擔起整個家庭的重擔。
首當其沖的難題，是所謂“完贓”。如同曆來慣用的手法，魏忠賢搞的是政治迫害，加諸政敵的罪名卻為貪賄。下獄東林諸君，不同程度被追贓，幾萬兩至數千兩不等。黃尊素被追數目算少的，兩千八百兩，饒是如此，對家底并不厚實的黃家來說，亦屬驚人巨款。然而錢款一日未齊，則酷刑嚴拷一日。後來，太沖給崇祯皇帝的頌冤奏章述之：
臣痛父血比，遍貸臣鄉之商于京者，并父之同年門，至差足交贓将完，而殺機遂決矣。
眼看将要繳畢，人卻已活活打死。由這段叙述我們又知，父親逮去後，太沖緊跟着也北上京城，在那裡四處求貸。短短兩年，這座城市對于昔時禦史官邸少爺來說，可謂冰火兩重天。
重創之下，黃家生計維艱。“先忠端公殉節之後，室如懸磬”，太沖幾以一人之力支撐所有。父親扔下其弟兄五人，除他以外，皆在沖齡，而上有母親姚氏、祖父母，下有妻室、子女。過了幾年，幾個弟弟也先後成親，更是“食指繁多”。太沖憶那十來年的日子：“際此喪亂，藐是流離，身挽鹿車，投足無所”，“自念養生送死，多少不盡分處，未嘗不痛自勉強”，“不孝支撐外侮，鞅掌家塾”，“夏稅秋糧，猶不孝一人辦之”。家中老的老小的小，既要養生送死，又要應付“外侮”鄉闾有閹黨同夥，趁機落井下石、滋生事端，還要擔負弟弟們的教育、幫助他們成家，沉重的稅賦更險些将他壓垮。
其子黃百家《先遺獻文孝公梨洲府君行略》，對這一段經曆有詳述，謂之“府君少丁家難，母寡弟幼，覆巢之下，僅存完卵，兼之禍患頻仍，太沖内外百凡，隻身肩距”。具體談到四件事。
一、為祖父黃日中采備棺木：“曾王父病革，匠事未敦，府君步行四百裡，冒暑至諸暨，購歸美槚，計直二百金。曾王父力疾出視，摩挲久之，喜曰：‘汝後日即封贈及我，亦是虛名，今日之孝乃實事耳。’”古人極重棺椁，視為最後歸宿。太沖知祖父心事如此，勉力為其了此願，二百金想是東借西湊而來，不假舟楫、靠腳力徒步四百裡，無非是為了省幾個錢。
二、安葬父親黃尊素：“先王父喪歸，蔔葬隐鶴橋，鄉人之在逆案者甚妒，天子有表章忠義之事，出而為難，府君禦之。已建王父祠于西石山，又出為難，府君号于當事，蕺山助之曰：‘不佞，白安先生之未亡友也，請以螳臂當之。’卒得禦史蕭公奕輔助金，推官陳公子龍作祠堂碑銘，檄縣立石，又邀兩馮公留仙、邺仙暨陸文虎、萬履安、劉瑞當凡數十先生，會祭祠下，大鳴攻鼓，而逆黨始沮。丙子，王父遷葬化安山，明年二月，分守台紹道謝公雲虬奉命論祭，府縣各官紳士皆來，馔者數千人，府君應之，不露寒儉之态。”黃尊素靈柩歸故裡時，客魏已倒，但鄉間閹黨氣焰不減，對下葬頗事刁難，太沖勇于抗争，得劉宗周等支持，才辦成葬事。後來遷葬化安山，此時閹黨不複嚣張，儀式比較隆重，太沖雖然年輕、家貧，在整個過程中卻能應對自如，亢卑得體。
三、撫教諸弟：“叔父輩四人，王父被難時，四叔父司輿、五叔父孝先更幼，讀書任之外傅。二叔父晦木年十一，三叔父澤望年九，府君身自教之……如是兩叔父學成矣。為娶二叔父徐、馮兩叔母，三叔父劉、梁兩叔母，四、五叔父宋、姚兩叔母。”二弟黃宗炎、三弟黃宗會，俱系太沖一手教成，四個弟弟中，恰也是這二人後來學識文章最好。他還替每個弟弟娶妻辦婚事，二弟、三弟甚至各娶兩房。
四、完納田賦：“庚辰，點解南糧，充是役者，家無不覆，又值歲連大饑，叔祖輩皆相向而泣。府君告籴黃岩，一身竭蹶，又值遏禁甚嚴，馳驅台、越間，謀于王峨雲、倪鴻寶、祁世培先生，而其事得集。”明代從宮廷供應到官俸、軍饷，專賴“南糧”，東南一帶田賦極重，且不光納糧，還得負責運輸，所謂“點解南糧”即民間完賦者輪值充任征解工作，不能完成，唯點解人是問。庚辰年即1640年，輪到黃家負責“點解”。時連年災亂，饷糧極缺因而“遏禁甚嚴”，然而曆來人口、田畝實際變動極大，朝廷卻概不理會，仍按從前登記在冊的情況征收，充點解者無不焦頭爛額。太沖四處奔走，所幸得到紹興幾大望族幫助，将事情應付下來。有此親身經曆，難怪他日後在《待訪錄》裡嚴厲抨擊賦稅政策及朱棣“都燕”永樂遷都北京，造成南糧北解的沉重負擔。
太沖生于安逸，而長于憂患。家中橫遭變故，與成人同時。無憂無慮的少年時代戛然而止，旬月間踏入完全不同的人生，黃百家感歎這巨大懸殊，以“勞逸之判，逾于霄壤”形容，說父親就此“茹苦一生”。然而有道是生于憂患，死于安樂。艱辛苦難，磨砺了太沖性格，亦廓大了其胸襟，令他為人治學迥異乎通常的“世家子”，身為書生卻有一番罕見的豪傑氣概。