“世忠營”瓦解，太沖回家，接了老母，奉之躲入山中。作為抵抗者，他當然登了黑名單。關于這種地下狀态，他自己有過一番統計：
自北兵南下，懸書購餘者二，名捕者一，守圍城者一，以謀反告讦者二三，絕氣沙者一晝夜，其他連染邏哨之所及，無歲無之，可謂瀕于十死者矣。
兩次被懸賞捉拿，一次遭通緝，被包圍在城中一次，受人以謀反檢舉二三次，曾逃于野外藏身土台一天一夜不敢動，至于平時被巡邏哨盤查，則不計其數。
四明山失敗後的丁亥、戊子，整整兩年都是這麼度過的。主要躲避地點，是化安山。偶爾也悄悄潛回黃竹浦。所幸那時天網恢恢疏而有漏，還比不了今天的密如蛛網，否則太沖早就被繩之以法了。
在那人迹罕至之地，他用研究曆法和數學打發時間。我們往往以為他隻是人文學者，其實，太沖算得上近世重要的自然科學家。清代曆算之學以梅文鼎成就最高，全祖望卻說：“其後梅徵君文鼎，本《周髀》言曆，世驚以為不傳之秘，而不知公實開之。”稱梅氏先驅實為黃宗羲。而其自雲：“勾股之術，乃周公、商高之遺，而後人失之，使西人得以竊其傳。”一是認為中國數學衰落已久了，言下之意，到他這兒才重續舊脈。其次，似乎他的曆法與數學得之“西人”，當然，以他看來西方這類學問源出中國，他不過使之回了娘家而已，但由此看出，他是中國近世較早向西方學習自然科學的人物之一，具體經過我們并不清楚，有人推測可能從前在北京遊曆時與湯若望等有過交往。也許如此，不然我們似乎也找不到太沖對這學問發生興趣的由頭。崇祯七年，他偶然結識明代大曆學家周雲淵之孫周仲，于其府上見到周氏遺著《神道大編》數十冊，太沖“欲盡抄其所有”，隻因周仲出門遠遊，“未果”。無論如何，興趣是早就有的，化安山的研究并非心血來潮。這一是因為他自認有曆算天分，“自謂：‘屠龍之技，無可與語者。’”二是古代認為曆法關乎天命，精研确算，有禆政治。避禍間，他寫了十幾種曆法、數學著作，“所著有《春秋日食曆》《授時曆故》《大統曆推法》《授時曆假如》《回回曆假如》《氣運算法》《勾股圖說》《開方命算》《測圖要義》諸書，約在此數年中”。惜多佚，僅存名錄。《叙陳言揚句通“勾”股述》說：
餘昔屏窮壑，雙瀑當窗，夜半猿啼伥嘯，布算簌簌，自歎真為癡絕。
說的便是這一段。既以“癡絕”形容，可見是很下了苦功夫的。但他歎道：“及至學成，屠龍之技，不但無所用，且無可與語者，漫不加理。”原因是國家破亡，根本用不着，想來這也從側面平添了亡國之恨。不過，太沖這一絕學，後來兒子百家有所繼承，他的辛苦不算完全白費。
藏身兩年，己醜年（1649），清順治六年他終和魯王重新接上頭。這時，魯王經過一段萍飄，落腳于甯海以南、台州以東的健跳所。所是明朝的軍事防衛單位。黃宗羲趕去從亡。朱以海所以落腳健跳，首先是之前福建的存身地，已被清軍占領，原先挾魯王以自重的建國公鄭彩，也“棄上而去”；二是健跳所地處海防，敵退我駐，敵來我跑，可随時遁入大海。
這時魯王身邊的人，寥寥無幾，《行朝錄》連同太沖在内，隻提到了八個人。雖曰朝廷，卻小得不能再小了，而禮度仍然不廢，“每日朝于水殿”，上朝、退朝的形式，堅持不辍。所謂“水殿”，不過就是破船而已，亦即前引太沖所述“禦舟稍大，名河船，其頂即為朝房，諸臣議事在焉”。甚至還象征性地舉行過科舉考試，“試其士之秀者入學，率之見上，襕衫巾縧，拜起秩秩”。其情景，一方面讓人感動，因為畢竟是在極艱難之中努力維持國家制度;另一方面，也很可感慨——中國之與科舉一物不離不棄，真可謂無以複加，即此窮途末路、百事俱廢，也丢不下它。
這八人中，太沖與禮部尚書吳鐘巒最善，《思舊錄》單獨寫到他。組織一幫士子搞科舉考試的，就是吳鐘巒。太沖出于對科舉的一貫看法，顯然并不欣賞，對吳表示“以為不急”，吳則回答說：“此與昔人行冠禮一意耳。”意思是他做這件事，并不因為它有何實質意義，而是作為國家或民族精神的一種堅持和體現。從這個角度，太沖顯然是理解了，從内心對吳感到尊敬，通篇對他以“先生”稱。以抒情筆調寫兩人之間的情形：
觞餘于鲸背之上，落日狂濤，凄然相對，但覺從古興亡，交集此時，何處容腐儒道得一句。
不久，太沖辭别行朝，“先生駕三闆船送别三十裡以外”，太沖憶之曰“至今恻恻”。吳鐘巒最後在舟山告破之際，壯烈殉國。“赴難，抱夫子栗主，自焚于廟。”懷抱孔子牌位，在孔廟自焚而死。
健跳所的日子，實在無聊得很。“諸臣無所事事，則相征逐而為詩。……愁苦之極，景物相觸，信筆成什”，無非是“寄命舟楫波濤”。這種無聊，實際是行朝氛圍所緻。亂世之中，草頭王說了算，誰握兵符誰就是老大，監國亦無非其手中橡皮圖章而已。之前居這角色的是鄭彩，眼下是定西侯張名振。這些武人，把持行朝一切。《黃宗羲年譜》謂：
時國事歸定西侯，即閣臣張公肯堂亦不得有所豫同“予”。
全祖望謂：
時諸帥之悍，甚于方國安、王之仁，他們為最早的兩個跋扈的大帥。文臣稍異同其間，立緻禍。
當時四明山有一支武裝，領袖王翊，抗清甚是得力，戰功卓著，屢緻“浙東震動”。己醜六月，監國在健跳所“分使使山寨拜官”，即給地方上各抗清武裝授予官銜。這些武裝的首領，一般都自封将軍都督，“未有三品以下者”，監國“嘉其慕義，亦因而命之”，一概予以承認并正式授銜，偏偏王诩，僅授禦史，官級七品。太沖以為不妥，上疏說：“諸營小或不及百人，大亦不過王翊一部，今品級懸殊，以之相臨，恐為未便。”這意見，大學士劉沂春、禮部尚書吳鐘巒都表同意。但張名振“持之不肯下”。為什麼呢？“初，諸營迎表，皆因名振達。獨王翊不關名振。”太沖覺得極其不公，他在《行朝錄》不同段落，一再提到此事《四明山寨》《海外恸哭記》。
于是，他很快離開了。他是六月到的健跳所，離去時間未見明載，但據《黃宗羲年譜》筆意推之，大約在八月，前後在“行朝”總共不過二三個月。辭去的理由如下：
公之從亡也，太夫人尚居故裡，而中朝诏下，以勝國遺臣不順命者，錄其家口以聞，公聞而歎曰：“主上以忠臣之後仗我，我以所栖栖不忍去也，今方寸亂矣，吾不能為姜伯約矣。”乃陳情監國，得請，變姓名，間行歸家。
勝國，不是戰勝國，相反，恰系亡國。姜伯約，即姜維，伯約是其表字，他在諸葛亮死後輔佐後主北複中原事業。陳情，指因奉孝之故提出辭職請求，晉武帝時李密寫了千古傳誦的《陳情表》，後遂以“陳情”指此類事。“錄其家口以聞”是指，滿清為撲滅抵抗運動，下令對所有參與者的家屬統計、登記、上報，其實就是以株連相威脅。太沖說，為了母親不受牽累，他要回家。
太沖辭去，直接理由是滿清這道政令，然而實際也隻是一個理由罷了。其他從亡者，故裡自然各有親眷，所受威脅是相同的，卻并未都就此辭去。當然，會有一些區别。像吳鐘巒等年長者，高堂或已不在人世。士大夫講“忠孝兩全”，既要盡忠也要盡孝。所以劉宗周談他宜死的決定時，曾說：“疊山封疆之吏，非大臣比，然安仁之敗而不死，終有遺憾。宋亡矣，猶然不死，尚有九十三歲老母在堂，戀戀不決耳。我又何戀乎？”這是講謝枋得号疊山故事，宋亡後，謝未當即殉國，而是活下來，直到蒙元逼其出仕，才絕食而死，原因即上有老母。劉宗周以謝枋得為比較，認為他有令人遺憾處，但可以理解，自己則無任何理由活在人間。眼下，太沖辭朝回家，也以孝道為由，這在古君子是可以成立的，李密《陳情表》流傳千古，正因很好地表述了忠、孝之間獨特的矛盾。後來太沖逝世，門生為之拟以“文孝”私谥，這件事也是依據之一。
但是，我們卻認為是他的一個借口，莫非暗示太沖當了反清運動的逃兵？并非那樣。關鍵在“吾不能為姜伯約”一句。姜維這個曆史人物的突出特點，是他于諸葛亮死後，在自身能力既不足，客觀上又事不可為的情形下，仍勠行“丞相”北複中原的遺志。太沖以這典故，寄予了對追随魯王抗清，已不覺還有希望的潛台詞。前面我們已見到他對健跳所的諸般描述，墨渖之間，充滿乏竭空虛，可以說沒有一點苗頭。這二三個月的見聞，想必已使太沖認清“行朝”完全不可能有所作為。待在這裡，徒自凄苦而已；他不願做這麼無謂的事，尤其是不想通過與魯王不離不棄來表達什麼。
這是太沖與張肯堂、吳鐘巒、張煌言那樣的大明忠臣不同處，甚至也不同于他的老師劉宗周。前面講太沖起兵時，堅以布衣為請而不獲允，當時我們隻講了他這做法的出處，于其深意則表示“俟後再談”，現在是時候了。
所謂“布衣”，也即無官之身。魯王想授他官職，而太沖不要。這并非謙遜或清高。官職首先意味着“食君祿”，食人之祿，忠人之事；接受官職，道義上就有盡忠的義務。太沖希望以布衣起事，實際的意義是，自己出于“義”而抗清，非為對大明效忠而抗清。進而說得再清楚些，在太沖那裡，“反清”與“複明”是需要區分開來的事，很多人反清即為複明，而太沖内心則絕非因為複明而反清。這幾乎是理解太沖時最最關鍵的一點。當然，他自己從來沒有做過這麼明确的表示，嚴峻的客觀現實不允許在這時發這種議論，但我們看他一生，參詳他思想的全部軌迹和變化，完全可以肯定，太沖對于明王朝不抱任何好感。一是自己家庭的不幸，一是明朝從頭到腳通體的劣壞，這個王朝的毀滅，太沖不要說為之痛心，隻怕反而是“時日曷喪？吾與汝偕亡”的暢然，讀一讀《明夷待訪錄》“原君”篇，那對塗毒天下的獨夫的憤慨之情，字字句句得之他對明朝曆史和政治現實的切身感受。他在明清鼎革之際，覺得“天崩地解”，所指根本不是明室的崩潰，而是野蠻部族入主中國可能導緻中華文明大黑暗的結局，他是從文明憂患角度、作為愛國者而起兵反清。
太沖這一番心腹，曆來竟無人會意，連章太炎、陳寅恪那樣的飽學之士，也不能理解，将太沖晚年對滿清的态度視為一種“轉變”。實則應該說太沖早在十七世紀就已達到了以文明沖突衡定曆史與是非的思想境界，他眼中天下興亡根本無關乎“一人一姓”，他絕不要當朱姓家奴，隻認更好、更文明、更合理的治政，後來康熙皇帝展現了這種氣象，故而他欣然接受，不因其為異姓或“鞑虜”而排斥。
眼下，他看破“行朝”必将一事無成，決然地辭去了。