2016年5月27日，全國中小企業股份轉讓系統有限責任公司（以下簡稱“全國股轉公司”）發布了《全國中小企業股份轉讓系統挂牌公司分層管理辦法（試行）》（以下簡稱《分層管理辦法》），并宣告自2016年6月27日起，全國股轉公司正式對挂牌公司實施分層管理。全國股轉公司結合其立足于服務“創新型、創業型、成長型”中小微企業的市場定位，根據市場發展的現狀和需求，将市場分為基礎層與創新層，并設置了三套并行的創新層标準，它分為分層标準和維持标準。未進入創新層的挂牌公司進入基礎層
分層标準（準入标準）
基礎層挂牌公司進入創新層的分層标準
這适用于分層前的挂牌公司（視為基礎層挂牌公司）和分層後留在基礎層的挂牌公司進入創新層。它共有三套“分層标準”或稱“準入标準”：
側重于盈利标準的分層标準一，具體要求是：最近兩年連續盈利，且年平均淨利潤不少于2000萬元（以扣除非經常性損益前後孰低者為計算依據）；最近兩年加權平均淨資産收益率平均不低于10%（以扣除非經常性損益前後孰低者為計算依據）。
側重于成長性标準的分層标準二，具體要求是：最近兩年營業收入連續增長，且年均複合增長率不低于50%；最近兩年營業收入平均不低于4000萬元；股本不少于2000萬股。
側重于做市市值标準的分層标準三，具體要求是：最近有成交的60個做市轉讓日的平均市值不少于六億元；最近一年年末股東權益不少于5000萬元；做市商家數不少于六家；合格投資者不少于50人。
除了上述三套差異化分層标準，進入創新層的挂牌公司還需滿足公司治理、合法合規性以及交易或者融資要求。具體要求是，挂牌公司須同時滿足以下五個方面的條件：一是最近12個月完成過股票發行融資（包括申請挂牌同時發行股票），且融資額累計不低于1000萬元；或者最近60個可轉讓日實際成交天數占比不低于50%。二是公司治理健全，股東大會、董事會和監事會制度、對外投資管理制度、對外擔保管理制度、關聯交易管理制度、投資者關系管理制度、利潤分配管理制度和承諾管理制度完備；公司設立董事會秘書并作為公司高級管理人員，董事會秘書取得全國股轉系統董事會秘書資格證書（董事會秘書任職要求及資格管理辦法另行發布）。三是最近12個月不存在以下情形:1.挂牌公司或其控股股東、實際控制人，現任董事、監事和高級管理人員因信息披露違規、公司治理違規、交易違規等行為被全國股轉公司采取出具警示函、責令改正、限制證券賬戶交易等自律監管措施合計三次以上的，或者被全國股轉公司等自律監管機構采取了紀律處分措施。2.挂牌公司或其控股股東、實際控制人，現任董事、監事和高級管理人員因信息披露違規、公司治理違規、交易違規等行為被中國證監會及其派出機構采取行政監管措施或者被采取行政處罰，或者正在接受立案調查，尚未有明确結論意見。3.挂牌公司或其控股股東、實際控制人，現任董事、監事和高級管理人員受到刑事處罰，或者正在接受司法機關的立案偵查，尚未有明确結論意見。四是按照全國股轉公司的要求，在會計年度結束之日起四個月内編制并披露年度報告；最近兩個會計年度的财務會計報告被會計師事務所出具标準無保留意見的審計報告；按照“側重于做市市值标準的分層标準三”規定進入創新層的挂牌公司，最近三個會計年度的财務會計報告被會計師事務所出具标準無保留意見的審計報告。五是全國股轉公司規定的其他條件。
但是，特殊行業例外：即小額貸款公司、融資擔保公司、融資租賃公司、典當行、商業保理公司以及互聯網金融等特殊行業挂牌公司，在相關監管政策明确前，暫不進入創新層。而私募基金管理機構按照相關監管要求整改後，符合創新層标準的，可以進入創新層。
新挂牌公司進入創新層的分層标準
這适用于分層後新挂牌的公司直接進入創新層。它也有三套“分層标準”或稱“準入标準”：
側重于盈利标準的分層标準一，具體要求是：最近兩年連續盈利，且年平均淨利潤不少于2000萬元（以扣除非經常性損益前後孰低者為計算依據）；最近兩年加權平均淨資産收益率平均不低于10%（以扣除非經常性損益前後孰低者為計算依據）；申請挂牌同時發行股票，且融資額不低于1000萬元。
側重于成長性标準的分層标準二，具體要求是：最近兩年營業收入連續增長，且年均複合增長率不低于50%；最近兩年營業收入平均不低于4000萬元；挂牌時股本不少于2000萬股。
側重于做市市值标準的分層标準三，具體要求是：做市商家數不少于六家；申請挂牌同時發行股票，發行對象中包括不少于六家做市商，按發行價格計算的公司市值不少于六億元，且融資額不低于1000萬元；最近一期期末股東權益不少于5000萬元。
根據以上标準進入創新層的申請挂牌公司，還應當同時滿足以下五個方面的條件：一是申請挂牌即采用做市轉讓方式。二是公司治理健全，股東大會、董事會和監事會制度、對外投資管理制度、對外擔保管理制度、關聯交易管理制度、投資者關系管理制度、利潤分配管理制度和承諾管理制度完備；公司設立董事會秘書并作為公司高級管理人員，董事會秘書取得全國股轉系統董事會秘書資格證書（董事會秘書任職要求及資格管理辦法另行發布）。三是最近12個月不存在以下情形：申請挂牌公司或其控股股東、實際控制人，現任董事、監事和高級管理人員被中國證監會及其派出機構采取行政監管措施或者被采取行政處罰，或者正在接受立案調查，尚未有明确結論意見。四是最近兩年及一期的财務會計報告被會計師事務所出具标準無保留意見的審計報告；按照“側重于做市市值标準的分層标準三”進入創新層的申請挂牌公司，最近三個會計年度的财務會計報告被會計師事務所出具标準無保留意見的審計報告。五是全國股轉公司規定的其他條件。
為滿足申請挂牌公司進入創新層的需求，全國股轉公司制定了企業申請挂牌時進入創新層的标準。申請挂牌公司進入創新層的三套标準，與已挂牌公司進入創新層的三套标準基本一緻。但考慮申請挂牌公司尚未經過挂牌後的規範化運作和持續監管，尚未公開交易和分散股權，也沒有做市交易市值，因此，就準入标準作了适當調整：一是将“申請挂牌即采用做市轉讓方式”作為申請挂牌公司進入創新層的共同标準，以适當提高進入創新層的申請挂牌公司質量；二是就标準一增加了“申請挂牌同時發行股票，且融資額不低于1000萬元”的要求；三是要求準入标準三中市值按照挂牌同時發行股票的價格計算，發行對象中應當包括不少于六家做市商，且融資額不低于1000萬元，以提高發行市值的公允性。同時，申請挂牌公司合法合規方面還應當滿足挂牌準入的要求。
拟進入創新層的申請挂牌公司，自評滿足創新層标準的，應當在取得同意挂牌函後，辦理挂牌手續時，按照挂牌業務操作指南的規定，及時填報分層數據并提交相關文件，并在挂牌提示性公告中公告其分層結果。
維持标準
進入創新層的挂牌公司還應當滿足以下三套維持标準之一：
側重于盈利标準的維持标準一，具體要求是：最近兩年連續盈利，且年平均淨利潤不少于1200萬元（以扣除非經常性損益前後孰低者為計算依據）；最近兩年加權平均淨資産收益率平均不低于6%（以扣除非經常性損益前後孰低者為計算依據）。
側重于成長性标準的維持标準二，具體要求是：最近兩年營業收入連續增長，且年均複合增長率不低于30%；最近兩年營業收入平均不低于4000萬元；股本不少于2000萬股。
側重于做市市值标準的維持标準三，具體要求是：最近有成交的60個做市轉讓日的平均市值不少于3.6億元；最近一年年末股東權益不少于5000萬元；做市商家數不少于六家。
進入創新層的挂牌公司除滿足上述三套維持标準之一外，還應當滿足以下五個方面的條件：一是合格投資者不少于50人。二是最近60個可轉讓日實際成交天數占比不低于50%。三是公司治理持續符合準入時的公司治理健全标準。四是最近12個月不存在以下情形：1.挂牌公司或其控股股東、實際控制人，現任董事、監事和高級管理人員因信息披露違規、公司治理違規、交易違規等行為被全國股轉公司采取出具警示函、責令改正、限制證券賬戶交易等自律監管措施合計三次以上的，或者被全國股轉公司等自律監管機構采取了紀律處分措施。2.挂牌公司或其控股股東、實際控制人，現任董事、監事和高級管理人員因信息披露違規、公司治理違規、交易違規等行為被中國證監會及其派出機構采取行政監管措施或者被采取行政處罰，或者正在接受立案調查，尚未有明确結論意見。3.挂牌公司或其控股股東、實際控制人，現任董事、監事和高級管理人員受到刑事處罰，或者正在接受司法機關的立案偵查，尚未有明确結論意見。四是按照全國股轉公司的要求，在會計年度結束之日起四個月内編制并披露年度報告；最近三個會計年度的财務會計報告被會計師事務所出具标準無保留意見的審計報告。五是全國股轉公司規定的其他條件。
在維持标準的設置上，考慮到中小微企業成長生命周期的規律、經營業績不穩定以及股票交易二級市場波動性等因素，維持标準的部分指标與準入條件保持一緻，但淨利潤、淨資産收益率、營業收入複合增長率和市值指标低于準入要求。這樣一方面符合市場發展規律，提高了創新層的穩定性，另一方面可以及時将大幅偏離創新層要求的挂牌公司調出創新層。
層級調整：升闆與降闆
市場内部不同層級之間也有升闆與降闆之分：低層級闆塊的挂牌公司調整進入高層級闆塊為升闆，反之為降闆。盡管全國股轉系統不承認創新層為較高闆塊，其實，相比基礎層，創新層就是較高闆塊，基礎層則為較低闆塊。從基礎層調整進入創新層，為升闆。從創新層調整進入基礎層，為降闆。隻是全國股轉公司為了照顧廣大基礎層挂牌公司的情緒，才不用“升闆”、“降闆”之類的帶有褒貶色彩的詞彙。但在理論研究上，是可以用這樣的詞彙的。
全國股轉公司采取了自動升闆機制。目前，全國股轉公司已開發完成挂牌公司“分層支持平台”，挂牌公司進行層級劃分和層級調整時，分層支持平台将自動完成相關數據信息的采集，通過對挂牌公司分層數據的分析計算，自動判斷挂牌公司是否滿足創新層的準入标準或者維持标準。根據分層标準及維持标準，全國股轉公司于每年五月最後一個交易周的首個轉讓日調整挂牌公司所屬層級（進入創新層不滿六個月的挂牌公司不進行層級調整）。基礎層的挂牌公司，符合創新層條件的，調整進入創新層（升闆）；不符合創新層維持條件的挂牌公司，調整進入基礎層（降闆）。全國股轉公司可以根據分層管理的需要，适當提高或降低挂牌公司層級調整的頻率。
全國股轉公司在升闆過程中采取了“沉默視為自願”的原則。全國股轉公司正式調整挂牌公司層級前，在全國股轉系統官網公示進入基礎層和創新層的挂牌公司名單。挂牌公司對分層結果有異議或者自願放棄進入創新層的，應當在三個轉讓日内提出。全國股轉公司可視異議核實情況調整分層結果。如沒有異議或沒有自願聲明放棄，則升闆進入創新層。
但是，層級調整期間，挂牌公司出現以下情形的，不得調整進入創新層：1.挂牌公司或其控股股東、實際控制人，現任董事、監事和高級管理人員因信息披露違規、公司治理違規、交易違規等行為被全國股轉公司采取出具警示函、責令改正、限制證券賬戶交易等自律監管措施合計三次以上的，或者被全國股轉公司等自律監管機構采取了紀律處分措施。2.挂牌公司或其控股股東、實際控制人，現任董事、監事和高級管理人員因信息披露違規、公司治理違規、交易違規等行為被中國證監會及其派出機構采取行政監管措施或者被采取行政處罰，或者正在接受立案調查，尚未有明确結論意見。3.挂牌公司或其控股股東、實際控制人，現任董事、監事和高級管理人員受到刑事處罰，或者正在接受司法機關的立案偵查，尚未有明确結論意見。4.挂牌公司因更正年報數據導緻财務指标不符合創新層标準的。5.挂牌公司被認定存在财務造假或者市場操縱等情形，導緻挂牌公司不符合創新層标準的。6.挂牌公司不符合創新層公司治理要求且持續時間達到三個月以上的。7.全國股轉公司認定的其他情形。
此外，全國股轉公司還實施強制降闆機制。即創新層挂牌公司出現以上4、5、6、7情形之一的，自該情形認定之日起20個轉讓日内直接調整至基礎層（降闆）。
新三闆分層的功能與意義
信号顯示功能
内部分層具有信号顯示的功能，有助于揭示公司質量差異，緩解由于信息不對稱導緻的逆向選擇問題。當新三闆市場挂牌公司數量龐大時，投資者甄别挂牌公司質量的成本就會加大。如果投資者無法确定場外交易市場上挂牌公司的質量，并根據挂牌公司的平均質量來進行評估和定價，那麼，便會産生逆向選擇或“次品”問題。優質公司不斷退出，劣質公司充斥整個市場。信息披露制度、各種指數制度、股評制度等均有利于緩解信息不對稱。此外，分層也可以為投資者提供一套衡量不同層次挂牌公司的質量或風險的基準，緩解“次品”問題。
全國股轉公司有關負責人就挂牌公司分層答記者問時指出，自全國股轉系統擴大試點至全國以來，新三闆挂牌公司數量快速上升，海量市場規模已經形成。截至2016年5月27日，全國股轉系統挂牌公司數量已達7394家，且仍保持高速增長态勢。随着挂牌公司數量的增加，挂牌公司在發展階段、經營水平、股本規模、股東結構、融資需求等方面差異較大，在交易頻率、價格連續性、市值等方面差異也越來越明顯。面對海量挂牌公司，投資人在信息收集、标的遴選、研究決策等方面的難度也日益加大。通過分層管理，一方面以差異化的制度安排，對挂牌公司實現分類服務、分層監管，滿足中小微企業不同發展階段差異化需求，合理分配監管資源；另一方面則從盈利能力、成長性和市場認可三個維度劃設創新層，對進入創新層的企業提出更高的信息披露及規範性要求，對挂牌公司形成引導效應，為投資人遴選标的及投研決策提供更充分的信息和更大便利。為此，全國股轉公司将分别揭示創新層、基礎層挂牌公司的證券轉讓行情和信息披露文件。
從世界範圍看，分層在底層級市場（如三闆及四闆市場）中較為普遍，原因是這類市場上市标準較為寬松，企業信息披露要求不高。而分層有利于避免“劣币驅逐良币”，即投資者認為這類市場本來就應該是低估值，這會導緻優質企業因估值過低放棄這個市場，久而久之，劣質企業便充斥市場。分層的實施從某種程度上解決了部分信息不對稱。
透明度分層功能
在以信息披露标準為依據的分層市場中，或具有不同信息披露标準的分層市場中，不同層次的市場的信息披露标準是不同的，高層次市場的信息透明度高，低層次市場的信息透明度低。企業可以根據自己的實際情況自主選擇不同的信息透明度披露标準，而不是千篇一律，承擔相同的信息透明度标準。投資者也可以自主選擇不同透明度的企業進行投資，給不同透明度的企業以不同估值。
但是，在此前的新三闆市場中，企業規模無論大小，盈利無論多寡，承擔的信息透明度成本是一樣。如果新三闆市場分層後，規模大、盈利強、願意承擔較高信息透明度的企業在較高層次挂牌，成本與收益對等，成本增加屬于企業自主選擇的自願行為。規模小、盈利弱、不盈利強、願意承擔較低信息透明度的企業在較低層次挂牌，不必披露那麼多的臨時報告或定期報告，挂牌企業成本與收益亦對等。
全國股轉公司有關負責人就挂牌公司分層答記者問時指出，全國股轉公司将針對創新層和基礎層挂牌公司采取差異化的制度安排：一方面推動創新層挂牌公司進一步規範公司治理，切實加強信息披露、發行融資和并購重組的監管，提升創新層挂牌公司整體規範化水平，在此基礎上為市場的後續制度創新和服務創新打開空間。另一方面對基礎層挂牌公司加強服務和引導，針對基礎層挂牌公司大部分處于初創期、股權集中、融資交易不活躍的特點，引導基礎層挂牌公司主動規範公司治理，優化基礎層挂牌公司信息披露制度，加強基礎層挂牌公司資本市場監管規則的培訓，提供針對性培育孵化和融資對接、并購服務。全國股轉公司同時指出，挂牌公司差異化制度的構建是一個持續的過程，需要在分層實踐基礎上不斷推進。目前，全國股轉公司正在根據分層條件下市場監管的需要，對挂牌公司信息披露業務規則、股票發行業務細則、股票轉讓細則、主辦券商管理細則以及挂牌公司董秘管理辦法、挂牌公司治理準則等進行修訂，以貫徹落實提供差異化監管和服務的理念，為創新層挂牌公司和基礎層挂牌公司創造适宜其發展的資本市場環境。這就意味着，最終有望實現透明度的分層。
風險分層功能
分層具有風險分層的作用。分層管理本質就是風險分層，不同市場層次在交易制度、投資者适當性管理制度等方面會形成差異。
全國股轉公司有關負責人就挂牌公司分層答記者問時也指出，挂牌公司分層的本質是風險的分層管理，其實現方式是制度的差異化安排。它不是将挂牌公司簡單地分為“好與壞”、“優與次”，而是為處于不同發展階段和具有不同市場需求的挂牌公司提供相适應的資本市場平台，從而更有針對性地提出監管要求和提供差異化服務。基礎層挂牌公司同樣是新三闆的挂牌企業，同樣能獲得與其發展階段、發展需求相适應的資本市場服務，同樣能赢得成長空間。
新三闆市場分層之後，對于風險相對較低的層次，投資者門檻可能會相應下調，也可能會實施競價交易制度。這會進一步激發市場活力，吸引更多投資者和資金入場。當然，這是遠期展望，近期還不可能得到實施。
便利監管功能
内部分層具有便利監管的功能，有助于合理配置監管資源，提高監管效率。随着新三闆挂牌企業的增加，挂牌企業之間的差異越來越大。挂牌企業無論在行業分布、資産規模、盈利能力、公司治理狀況、股權分散度等方面都會存在很大差别。如果不進行分層，而實行統一的規則，既不利于監管，也不利于對挂牌企業提供服務，這樣新三闆的運行效率就會降低，所以在新三闆實行内部分層很有必要。新三闆實行内部分層後，對于風險較小、運行規範的挂牌公司，監管者可以少費精力而提供更多的便利，但對于風險較大，運作不規範的挂牌公司，監管者應适當傾斜監管力量，加強執法強度，以促使挂牌公司規範運作。全國股轉公司有關負責人就挂牌公司分層答記者問時也指出，分層後，股轉系統公司可以更有針對性地對挂牌公司提出監管要求，提供差異化服務，合理分配監管資源，提高監管的有效性。