項目自啟動之初，就堅定确立了“授人以漁”的理念，決心通過逐步培訓所在地區的醫護人員，不斷提高他們的技術水平，以此建立一個長期可持續發展的自給自足模式來幫助貧困的唇腭裂患者，為患者們提供安全、高質量唇腭裂修複手術。
項目在中國的第一個七年（1999〜2006），美國微笑列車基金會與中華慈善總會建立了合作夥伴關系，通過慈善會系統的宣傳和篩選，逐漸擁有了一百多家項目合作醫院，提供了近9萬例的免費唇腭裂手術。
項目在中國的第二個七年（2007〜2014）進入了全速發展的階段。首先，引入國家衛生部和中華口腔醫學會成為合作夥伴，搭建了穩固的、科學的、系統的四方合作的全國平台。使微笑列車項目既有來自中央和地方衛生行政管理部門的政府支持，又有來自專業學會的技術指導，還有來自全國慈善會的傾力合作，成為一個集政府機構、醫療單位、慈善團體多部門大協作的最具規模的全國性慈善醫療救助項目。第二個七年當中，微笑列車項目碩果累累：擁有遍布全國三十一個省、直轄市和自治區的397合作醫院；提供的免費手術數量超過25萬例；成立了“微笑列車唇腭裂修複慈善項目醫學專家指導委員會”，實施醫療技術培訓指導并為項目管理提供中肯的建議；受益于微笑列車“授人以漁”的理念和長期資助開展的大、中、小型培訓和學術會議，中國口腔颌面外科的學科發展有了顯著的進步，能夠實施安全的唇腭裂手術的醫生數量大幅增加，部分骨幹醫院逐步具備了唇腭裂序列治療的能力。
2015年，項目步入了第三個七年，這個階段開始的标志是微笑列車項目的初次唇腭裂手術由國家醫保/新農合資金和微笑列車項目資金共同資助。這意味着，微笑列車項目已從單一的由美國微笑列車基金會總部提供資金的模式，轉變為中國政府和美國微笑列車基金會總部雙方共同出資的運行模式。在此模式下，各合作醫院已逐步建立了全新的操作流程，并将更好地為貧困唇腭裂患者提供安全的、免費的手術。
十七年來，在始終如一的“授人以漁”理念的指引下，通過合作各方的共同努力，微笑列車項目結合中國國情取得了不斷的發展：長期簽約的項目合作醫院三百零八家；累計實施的免費唇腭裂手術超過35萬例；平均每兩年舉辦一次規模超千人的微笑列車學術會議，已舉辦了九屆；累計培訓的醫務人員超過14000人次；長期為項目實施手術的外科醫生超過2300人⋯⋯列車前行的動力來源于讓人倍感溫暖與愛的在全中國各處綻放的幾十萬張笑臉。微笑列車項目起源于中國，紮根在中國，不曾離開，也不會離開，讓我們一起幫助更多的唇腭裂患者，讓他們重綻微笑，煥發新生吧！
2007年3月1日，來自甯夏中甯的唇腭裂患者張曉宇（前）在手術前展示一張“微笑剪紙”。