近年來，兩國疾控中心的交流日趨活躍，項目執行穩步深入、合作成果顯著：雙方領導人建立了年度會晤機制，旨在回顧合作進展、制定規劃，為發展合作指明方向。2016年第12次年會将在中國舉行；美方長期駐華支持項目的技術專家達十餘名；雙邊合作項目，如中美全球艾滋病防治項目、中美新發和再發傳染病合作（EID）項目等大型合作項目順利實施，均已進入第三個五年執行周期；在減鹽、控煙等領域開展的慢性病合作逐步推進。
這些合作項目産出了衆多科研和學術成果，加強了各級項目單位的科研能力建設、實驗室質量控制體系和疾病監測與防控體系和能力建設；有效引進國際先進技術和理念，實現了與國際标準接軌；建立高端人才培養通道，向國外派出了大量科研和疾控骨幹進行技術培訓，掌握先進科學技術，吸取成功管理經驗，建立長期人才培訓合作機制。
值得一提的是，通過中美EID項目，推進中國國家流感中心成功申請作為世界衛生組織流感參比和研究合作中心；在2009年甲流和2013年人感染H7N9禽流感流行期間，中國疾控中心和美國疾控中心及世界衛生組織全球流感中心網絡緊密合作，及時共享流感病毒序列和毒株，為研制流感疫苗和控制流感疫情赢得了寶貴的時間，開創了兩國流感大流行聯動機制和共同應對的先例。
2014年2月，西非爆發埃博拉疫情以來，兩國疾控中心在幫助非洲應對埃博拉疫情及提高非洲的公共衛生能力方面開展了合作，主要包括：兩國疾控中心參與協助非盟及非盟成員國合作建設非洲疾病預防控制中心；合作支持塞拉利昂國家級公共衛生機構的建設，聯合開展科研和疾控項目；協助加強非洲國家的公共衛生能力建設，包括對公共衛生骨幹的聯合培訓。例如，兩國疾控中心在塞拉利昂合作開展的“埃博拉病毒密切接觸者和健康人群血清流行病學研究”和“埃博拉幸存者體液排毒研究”，既為修訂埃博拉病例的确診标準及防止埃博拉疫情死灰複燃提供了重要的科學依據，同時培養了塞拉利昂實驗室骨幹人員的技術和研究技能。雙方将在熱帶病防控、計劃免疫等更廣泛的領域探讨在非洲開展項目合作。
2015年，習近平主席對美國成功進行了國事訪問，訪美成果清單要求兩國在衛生領域加強公共衛生安全及慢性病領域的合作。未來中國疾控中心将在國家衛生和計劃生育委員會的領導下，積極開展與美國疾控中心的合作，落實習近平主席訪美成果清單的要求。
當地時間2015年6月24日，中國國務院副總理劉延東出席在華盛頓舉行的中美埃博拉及全球衛生安全研讨會并作主旨發言。劉延東表示，衛生領域首次納入中美人文交流高層磋商機制範圍，相信此舉将進一步推動中美衛生合作深入發展，并豐富人文交流的内涵。