作為一種新型社會經濟組織，企業孵化器于上世紀50年代末在美國誕生。在中國，1987年6月成立的武漢東湖新技術創業者中心是全國第一家科技企業孵化器。經過近30年發展，中國的科技企業孵化器已逐漸成為鼓勵高層次科技人才創業，加速科技成果轉化，培育中小型科技企業，扶持戰略性新興産業，振興區域經濟，推動宏觀經濟發展的重要政策工具和經濟組織形态。
與西方發達國家相比，中國的科技企業孵化器起步相對較晚，發展經驗相對不足，政策環境、管理體制、運行機制、經營方式、資源整合、服務能力等方面仍有待不斷完善，仍需通過深化改革和激勵創新來不斷提高中國的科技企業孵化能力。
現狀
據國家科技部火炬高技術産業開發中心孵化器管理處陳晴處長介紹，截至2012年年底，納入火炬中心統計體系的孵化器有1239家，其中國家級孵化器有435家，總體在孵企業超過7萬家，整體孵化面積達到4300多萬平方米。累計畢業企業超過4.5萬家，畢業後上市企業超過180家，提供創業崗位143萬個。
其中，省市科委、地方政府創辦的事業單位性質的孵化器數量最多、規模最大，在孵化器總量中占到2/3。這類孵化器在全國科技力量較強的大中城市，特别是在全國高新技術産業開發區中均有分布，其資金來源大多以政府的科技創新基金、專項孵化基金和火炬計劃基金投入為主。以政府為主體投資運營的孵化器，注重社會效益，不強調直接的經濟效益，政府從高新技術産業的發展、被孵企業創造的就業機會和稅收中得到回報。
随着市場發展，孵化器的營運模式也發生了重要變化。早期孵化器強調“器”的概念，通過為中小企業提供一定的物理空間，提供相關的中介服務，通過創辦企業實現科技成果的轉化。近些年發展起來的創新型孵化器，以提供無形服務為主，着重為企業提供高附加值的管理咨詢和資本服務，入駐企業多為IT網絡和通訊類高科技企業。
創新工場首席運營官陶甯介紹，現在市場上的孵化器類型主要有三種：一種是無任何門檻、單純為孵化企業而設立的主體。在運作過程中，這類孵化器為初創期企業提供全部免費或超低費用的創業服務。其代表是車庫咖啡，創業者隻需每人每天點一杯咖啡就能在此免費享用一天的開放式辦公環境；一種是傳統孵化器，略有門檻，進駐企業需要滿足高科技企業的條件，需要交付一定的房租；還有一種是帶有投資功能的孵化器，門檻較高，多為VC機構投前服務或投後管理的延伸，傾向于孵化VC機構已投資或拟投資企業，目的是提升增值服務，降低投資風險。
“做早期投資不能什麼都投，一定要有方向性。像創新工場，被投企業的業務方向不僅必須是高科技，還必須得是互聯網，要滿足我們的方向，還要讓我願意投資你，門檻一下子就高了很多。”陶甯表示。
據投中研究院調研顯示，在具體運作層面，一般孵化器将企業的畢業時間鎖定在6個月，或是企業獲得首次融資之後；絕大部分孵化器仍然較為關注互聯網和移動互聯網企業；從孵化器的地理分布來看，絕大部分設
立在北京、上海、廣州、江蘇等地，很少采取異地擴張策略，對自身團隊沒有絕對的關鍵績效指标考核（KPI考核）要求；孵化規模主要取決于孵化器自身的定位和是否具有大規模孵化企業的能力，現階段國内的孵化器多以中小規模運作，孵化30家以内企業的規模成為業内常态。
運營
“孵化器要強調公益性，但也要強調可持續發展，與企業共發展，這是我們未來要做的。”陳晴說。
據了解，目前市場化經營的孵化器面臨着一些瓶頸，主要包括基礎設施及相應技術服務等帶來的成本持續增長，個别入孵企業對免費提供的服務及設施不夠珍惜等。“現在主要是房租收入，占成本的80%，培訓、申報項目等咨詢服務的收入都轉化成房租。免費，這是最大的問題。”
國有孵化器對企業直接收費的難度比較大。一方面是政策不允許，如果單純以經濟指标來衡量孵化器，導向性可能會出現問題；另一方面，中國市場的信譽體系還不健全，社會上對中介機構的認識及其發展還存在一定障礙。
在國外，孵化器會與被孵化企業形成捆綁發展模式。若孵化器平台的經營者看好孵化器内的某家企業，就會對它進行投資以獲得部分股權，從而獲取相應的股權投資收益，拓展收入範圍。孵化器投資被孵化的公司，一般獲得股權份額不會超過該公司股權的10%。而且，這種獲利形式一般周期很長，也不是隻要投資就一定能獲得收益。早期投資非常考驗一個投資人的眼光，目前國内的民營孵化器很少能通過這種方式獲利。
投中研究院的調研顯示，部分孵化機構采取以下方式來緩解資金壓力：在運作過程中通過對入孵企業獲得融資收取傭金費（不超過融資額的5%）；置換入孵企業股權（不超過股權的5%）；以低于市場價格的标準對辦公場地、網絡寬帶等基礎設施收取費用；與銀行建立聯系，幫入孵企業獲得債權融資等，還有個别孵化機構在向天使投資或早期投資機構轉型。
對于孵化器經營模式的争論一直存在，有觀點認為，孵化器的業務大緻應當包括物業管理、投資、中介服務這三方面。1到8個月的孵化企業處于“幼兒期”，這時做孵化器一般不掙錢，但當企業做大了之後，孵化器就可以發揮核心競争力，比如通過做投資策劃來實現盈利。孵化器不僅要提供良好的政策和外部環境，還要幫助企業引資、招商，甚至參與企業管理，以從中獲利。
許多技術發明人隻是單純的研究人員，他們帶着技術進入市場，其管理能力往往有缺陷。孵化器為其免費提供融資服務甚至是企業管理服務，可以占被孵企業的股份，實行管理入股。這樣一來，孵化器不對被孵企業收費，卻能有盈利，所獲收入可以應用到新項目的建設中去，從而實現市場化運營。
有業内人士表示，官方支持的孵化器也應當走市場化運行的道路，現在此類孵化器缺乏利益驅動，時間一長就會失去生命力。因此，從機構設置到整個運作機制都必須改制，考慮市場化。市場化的内涵包括政策支持、市場化運作、股份制管理，其中存在着資源整合的問題。政府最理想的角色是退到幕後當大股東、大老闆，掌握政策，提供資源，孵化器的一般運營則可以交給專業公司和專業人士來做。政府在裡邊起一種引導作用，在政策上、軟環境上提供便利，在運作上追求一種商業化的操作。
考核
在一些業内人士看來，目前國内孵化器的整體發展情況良好，但也存在幾個問題：第一，物業化問題。現在孵化器的面積過大，在孵企業過多，服務人員過少。第二，孵化主體與創業主體界限不清。孵化器的職責是創造一個環境，不能把所有的事情都包辦，否則會影響了創業者主動性和創造性的發揮。第三，政府職能“越位”。在實際運行中，政府有關部門會直接參與孵化器的管理和運作，“政府引導”容易變成“政府主導”，甚至“政府領導”，最終造成重管理、輕服務、服務項目少、服務層級低的局面。而且政府辦的孵化器沿用的是事業單位的管理制度，自身存在待遇、激勵等問題。第四，短期行為。由于各方面原因，包括各種投資者的要求，有些孵化器出于自身盈利考慮，不顧企業長遠發展，變成了催化器。
“要根據我們的發展階段和發展需求對孵化器加以評價，否則就是片面的。”在陳晴看來，政府的資金有限，早期孵化器建設不能一味靠政府，而應充分吸引民間資本，鼓勵一部分地産開發商進入。一方面，通過規範引導，使其按照孵化器的管理理念運行，同時也要允許其有一定的生存發展空間。畢竟孵化器的投資回報周期非常長，政府更強調公益，而企業是逐利的，最終還是要對股東有回報。另一方面，要通過制定管理辦法，通過制度考核評價進行引導，而不是以擁有多少豪華的辦公場地為考核指标，要對孵化器進行評級分類指導。以前要求綜合性孵化器擁有在孵企業80家，國家級孵化器擁有在孵企業50家。現在看來，創新性企業資源畢竟有限，很多孵化器為了追求指标，到處招商，很多傳統企業、加工型企業都混進了孵化器，導緻科技含量比較低。對于孵化器的認定标準，下一步，要在房屋面積、企業數量等指标上做一些修正。
除了要解決孵化器本身存在的問題外，孵化企業的成功率也有待提高。目前，入孵企業在孵化過程中還存在很多不足，比如片面并過分地依賴政府優惠政策，對孵化器提出不切實際的過多要求，少數企業違反經濟信用行為嚴重，偷稅漏稅現象較為普遍等。“從評價上我們開始逐漸引導，要以服務為導向，這幾年推動中關村的新型孵化器，沒有多少場地，也能為大家提供服務，非常專業，非常好。”陳晴說。
以江蘇的博濟堂科技園投資發展有限公司為例，現在已經擁有18個園區。其發展初期是自建孵化器，後來跟各地政府共建孵化器，現在主要是輸出服務，比如高層次的創業領袖的培訓，引入各種金融投資服務，舉辦各類活動等。“中西部地區的孵化器缺乏專業運營團隊，需要輸入服務，每年繳納運營費。輸出服務方獲得的間接服務收入就因此增加了，現在博濟堂30%～40%的收入來自服務。”